protst 1.2.1(09/07/02) 25 OTUs 3582 sites. ND1 ND2 COX1 COX2 ATP8 ATP6 COX3 ND3 ND4L ND4 ND5 CYTB CONSENSUS INIL.LI.PI LLAVAFLTLV ERK.LGYMQL RKGPNIVGPY GLLQPIADA. KLFTKEPLRP NC_001325 ...IS..I.. .......... ...V...... .......... .........V .......... NC_001602 ...IS..I.. .......... ...V...... .......... .........V .......... NC_003428 ...IS.VV.. .......... ...V...... .......... .........T .......... NC_001700 ..V.S..I.. .......... ...V...... .....V.... .........V .......... NC_002008 ...IS..I.. .......... ...V...... .......... .........V .......... NC_004023 ....S..I.. .......... ...V...... .......... .........V .......... NC_004029 ....S.MI.. .......... ...V...... ......M... .........M .......... NC_000845 ....S..I.. .......... ...V...... .....V.... .........L ..V....... NC_001567 ....M..I.. .......... ...V...... .....V.... .........I ...I...... NC_001640 ..V.L..V.. .......... ...V...... .......... .........L ...I....Q. NC_001808 ....L.VI.. .......... ...V...... .......... .........I ........Q. NC_000889 ..T.M.VA.. ...M...... ...I...... .......... .....F...I .......... NC_001601 ....T..L.. .......... ...I.....F .........H .....F...I .......... NC_002503 ....M.TL.. .......... ...T...... .........H .....F...I .......... NC_001643 T.L.L..V.. .I.M...M.T ...I...... .......... .....F...M ........K. NC_001644 T.L.L..V.V .I.M...M.T ...I...... .......... .....F...M ........K. NC_001645 A.L.L..V.. .I.M...M.T ...I...... .....V.... .....F...M ........K. NC_001807 A.L.L..V.. .I.M...M.T ...I...... .....V.... .....F...M ........K. NC_002083 ..L.L..MS. .I.M...M.T ...I..HT.. .......... .....F...L ........K. NC_001569 ....T.LV.. .I.M...... ...I...... .......... .I...F...M ...M...M.. NC_004025 ..LFL..I.. ...M.....A ...I...... .....V...H .MI..F...M ...I...... NC_001913 ..T.L..L.V ...M...... ...I...... .......... .........I .......... NC_002658 ....T.LL.. ...M.....I ...L.....S ......I... .T.......L ...I...IH. NC_000891 V.L.I..I.V .........L ...I.....F ........AH .........V .......... NC_001610 ..L.MY.I.. .......... ...V.....F .....VI... .I...F...L ...I...... 10 20 30 40 50 60 CONSENSUS .TSS..MFI. APILALTLAL TMW.PLPMPY PLINMNLG.L FMLAMSSLAV YSILWSGWAS NC_001325 L...TT...M ......A... ...V...... ........V. .......... .......... NC_001602 L...TT...M .......... ...V...... ........V. .......... .......... NC_003428 L...TT...M .......... ...V...... ..V.....V. .......... .......... NC_001700 L...ML...M .......... ...I...... ........V. .......... .......... NC_002008 L...MS...L ......S... ...I...... ........V. .......... .......... NC_004023 L...AS...T .......... ...I...... ........V. .......... .......... NC_004029 S...TS...M ......S... ...A...... ........V. .......... .......... NC_000845 G...IS...I ....G.S... ...V...... ........V. .......... .......... NC_001567 A...AS...L ...M..G... ...I...... ........V. .......... .......... 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NC_002658 S...IML.SI ..LM..S... S..I.M...Q ..V...M.L. .I..A..... ........S. NC_000891 L...IY...L ......S... .I.I.....L ...DL...L. .V.SV.G.S. .......... NC_001610 M...IS..TI ..T......F .I.T.....N A.LDL...L. .I..L.G.S. .......... 70 80 90 100 110 120 CONSENSUS NSKYALIGAL RAVAQTISYE VTLAIILLSV LLMNGSFTLS TLITTQEHLW LI.P.WPLAM NC_001325 .......... .......... .......... .......... ...I...... ..F.A..... NC_001602 .......... .......... .......... .......... ...I...... ..F.A..... NC_003428 .......... .......... .......... .......... .......... ..F.T..... NC_001700 .......... .......... .......... .........A M......YM. ..I.A..... NC_002008 .......... .......... .......... .......... ...I....M. ..F.A..... NC_004023 .......... .......... .......... .......... .......... ..F.T..... NC_004029 .......... .......... .......... .......S.T .......... ..F.A..... NC_000845 .......... .......... .......... ......Y... ........I. M.FTS..... NC_001567 .......... .......... .......... ...S...... .......QM. ..L.A..... NC_001640 .......... .......... .......... ...S...... ...I...Y.. ..F.S..... NC_001808 .......... .......... .......... .......... .......... ..F.S..... NC_000889 .......... .......... .........I .......... .......K.. ..F.S..... NC_001601 .......... .......... .......... ......Y... ..A....Q.. .LF.S..... NC_002503 .......... .......... .......... ...S...... A.A....Q.. .LL.L...T. NC_001643 ..N....... .......... .........T ...S...N.. ..V....... ..L.T..... NC_001644 ..N....... .......... .........T ...S...N.. .......... ..L.T..... NC_001645 ..N....... .......... .........T .......N.. ...M...... .LL.T..... NC_001807 ..N....... .......... .........T ...S...N.. .......... .LL.S..... NC_002083 ..N....... .......... I...L..... ...S...N.. A.......S. .LL.S....L NC_001569 ....S.F... .......... ..M....... ......YS.Q ........M. .LL.A..M.. NC_004025 .......... .......... F........L .......... .......Y.. ..I.S..... NC_001913 ......F... .......... ........CI .......... S......YM. ILL.A..... NC_002658 ......F... .......... .C.......I .ML....... ..MI..KNT. ..L.T...T. NC_000891 ......T... .......... .........I M.I......T ..NL...YM. ..V.T...ML NC_001610 .......... .......... .........I M.I......K NMLI...NM. ..MMT...T. 130 140 150 160 170 180 CONSENSUS MWFISTLAET NRAPFDLTEG ESELVSGFNV EYAAGPFALF FLAEYANIIM MN.LTT.LFL NC_001325 .......... .......... .......... ........M. .......... ..IF..L..F NC_001602 .......... .......... .......... ........M. .......... ..IF..L..F NC_003428 .......... .......A.. .......... .......... .....T.... ..A...I..F NC_001700 .......... .......... ........D. .......... .......... ..I...I..F NC_002008 .......... .......... .......... .......... .......... ..I...I..F NC_004023 .......... .......... .......... .......... .......... ..I...T... NC_004029 .......... .......... .......... .......... .......... ..MF..T... 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NC_004025 .......... .......... .......... .......... .M...T.... ..A...T... NC_001913 .......... .......... .......... ...G...... .....T...L ..A..AI... NC_002658 .......... .......... .......... .......... .M...M...L ..A..VTI.M NC_000891 .......... .......... .......... ........M. .........I ..A..VI..F NC_001610 ..Y....... .......... .......... ........M. ........MV ..AI.AT... 190 200 210 220 230 240 CONSENSUS G..HNP..PE LYT.NF..KT LLLT..FLWI RASYPRFRYD QLMHLLWKNF LPLTLALCMW NC_001325 .AF...YM.. ..VI..TV.. .A..IL.... .......... .......... .......... NC_001602 .AF...YM.. ..VV..TV.. .A..IL.... .......... .......... .......... NC_003428 .AF...YM.. ...V..TV.. ....AS.... .......... .......... .......... NC_001700 .AF.S.YM.. ...I..TV.. ....TT.... .......... .......... .......... NC_002008 .AF...FM.. ..SI..TM.. ....IC.... .......... .......... .......... NC_004023 .AF.S.YM.. ...I..TL.. .M..IL.... .......... .......... .......... 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NC_001569 .PLYYINL.. ..ST..MMEA ...SST.... .......... .......... .......... NC_004025 .ALY.LHM.. T..TS.AI.. ....IL...V .......... .......... .......... NC_001913 .SF.SHTN.. MF.V..AT.. ....MT.... .......... ........S. .......... NC_002658 NSSPLLLNTT SF.TT.IL.. .M.VML.... .......... .......... ......MS.. NC_000891 .TY.LIFL.. MS.TT.MI.. M...SL.... .......... .......... ..I..VT.L. NC_001610 .SPLSSNI.Y INSMT.MM.M .I..TT.... .......... ...Y...... ..I.....L. 250 260 270 280 290 300 CONSENSUS H.SLPI.TSS IPPQTMNP.. ..II..T... GTMIV..SSH WL..WIGFEM NMLAIIPILM NC_001325 .VT...TSA. ......K.PI LI..MS.VMS .....LT... ..LT...... .......... NC_001602 .VT...ISA. ......K.PI LI..MS.VMS .....LT... ..LI...... .......... NC_003428 .VT...I.A. ....M.K.PI LI..TS.IIL .....LF... ..MI...... .......... NC_001700 .V....I.A. .....I..PI FI..ML.VIS .....VTT.. ..LV...... .L........ NC_002008 .VA...I.A. ......K.PI LI..MA.IMT .....ML... ..LI...... .......... 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NC_001643 YI.M.TTI.. .....I..LA QP..YS.ILT ..L.TAL... .FFT.V.L.. ....F....T NC_001644 YI.M.TTI.. .....I..LA QP..YS.IFA ..F.TVL... .FFT.V.L.. ....F..V.T NC_001645 YI.M.TTI.. .....I..LA QP..YS.IFA ..L.TAL... .FFA.V.L.. ....F..V.T NC_001807 YV.M..TI.. .....I..LA QPV.YS.IFA ..L.TAL... .FFT.V.L.. ....F..V.T NC_002083 .I.V..A..G .....I..LA QP..YP.IFT ..L.TAL... .FFA.L.L.. ....F..V.T NC_001569 .I....F.AG V..YM...IT LA..YF.IFL .PV.TMS.TN LMLM.V.L.F SL.....M.I NC_004025 YV...VLA.C ....A.K.II LMF.ML.IFM ...LTMI... ..LM.V.L.I .......... NC_001913 .I.M..ML.. ....MI..LT LI..MF.LFM ....TVF... ..TM...L.. .........I NC_002658 .I.M..MLF. T....I.IMP NI.LYS.LIM ..L.TIT... .ILM.V.L.. G.F.M...M. NC_000891 YIM..TTL.G L...MIT.MT TL.MLFSLLL ..TLTLT... ..LM.M.L.V ST.....L.T NC_001610 YI.I..SL.. L...L.S.YV LT.MSFSLLL ..TMTLI.N. ..TA.M.L.I .T.....LMT 310 320 330 340 350 360 CONSENSUS KK.NPR.TEA ATKYFLTQAT ASMLLMMAII INL..SGQWT ..K..NP.AS ...T.ALAMK NC_001325 .NHT..A... S......... .......G.. ...MF..E.. IS.IP..I.. GLV.I..T.. NC_001602 .NHT..A... S......... .......G.. ...MF..E.S IS.IP..I.. GLV.I..T.. NC_003428 ..F...A... S......... ......LG.. ...LH..H.. ISMIP..I.. TVI.I..... NC_001700 ..Y...AM.. .........A ...I...W.. ...LH..... VL.DL..M.. IMM.T..... NC_002008 ..Y...AM.. S......... .......GVT ...LY....V IS.IS..I.. IMM.T..T.. NC_004023 .NFS..A... S.....I... ......LG.. ...TT....A IL.LPS.T.. NLL.I..... NC_004029 .NF...TM.. S......... ......LG.T ...ML..... VL.PS.LTS. SLM.I..... NC_000845 .NF...A... .......... ...M...... ...LY..... IT.MF..V.M TMM.M..... NC_001567 .NH...A... S.......S. ........V. ...MF..... VM.LF..M.. MLM.M..... NC_001640 ..Y...TM.. S......... .......... ...MH..... IT.VF..T.. IIM.S..... NC_001808 ..F...AM.. .......... .......... ...MF.S... IT.IF..T.. IIM.S..I.. NC_000889 .SP...A... SV...M.... ......L.V. ...LY..... VM.ML..T.. MIM.M..... NC_001601 .NPS..A... S...L..... ..A.....V. ...MY..... IT.LF..T.. TLM.V...I. NC_002503 .NF...T... S......... ..A......M ...SH..... IT.LF..T.. MLV.I...I. NC_001643 ..MS..S... .I........ ...I.L...L S.SML..... MTNTT.QYS. LMIMM.M... NC_001644 ..MS..S... .I........ ...I.L...L S.NML..... MTNTT.QYS. LMIMT.M... NC_001645 ..M...S... .I........ ...I.L...L S.NML..... TTNAT.QYS. LMIVV.M... NC_001807 ..M...S... .I........ ...I.L...L F.NML..... MTNTT.QYS. LMIMM.M... NC_002083 ..TS..S... .I........ ...I.L...L Y.NML..... TTNTT..YS. LMIVT..... NC_001569 N.K...S... .....V.... ...IILL..V L.YKQL.T.M FQQQT.GLIL NMTLM..S.. NC_004025 ..IS..S... .......... ......FS.V ..TAN....G ITNMH.QLT. LVTMA..M.. NC_001913 N.AT..S... .......... ...I.....T L.ILD..... LINPQ.QLTP VLI.L..II. NC_002658 D.K...S... ........T. ...M.L.S.. LTMLY..N.E ILHNN.LALN IIPLL..... NC_000891 YTNH..SI.S .I........ ......F.AS L.TWMT.H.. LMQID.TIS. GIM.F..... NC_001610 .PHH..SM.S .I...MI... ...IILFSA. F.ASTTN..M TGQIS.TS.. FMM.I..... 370 380 390 400 410 420 CONSENSUS LGLAPFHFWV PEVTQGIPL. SGLILLTWQK LAPLSILYQI SPSIN.NLLL T.AILSIL.G NC_001325 ..M....... .......S.S ..M....... I....V.... .....PK..I .M..A.V.I. NC_001602 ..M....... .......S.S ..M....... I......... .....PK..I .M..A.V.I. NC_003428 ...S...... ......V..S ..MV...... I....V.... .....P...V AM.AT.V.V. NC_001700 .......... .......SMS .......... I......... .ST..P..I. .MS...VMI. NC_002008 ...S...... .......T.M ..M....... I..M...... .....T...M LM.LT.V.V. NC_004023 ..M....... ......T..S ..M....... I....V.... T..T.P...I .M..A.M.V. NC_004029 ..MS...... ......TS.P ..M....... I......... A....SG..A .M..A.V.V. NC_000845 ...S...... .......S.Q A..L...... .....V.C.. .Q...P..M. .M.M....I. NC_001567 ..M....... .........S .......... ...M.V.... F....L..I. .LSV....I. NC_001640 ...T...... .......S.T .......... ...M...... .....L.I.. .M.V....V. NC_001808 ...S...... .........V .......... ...M.V.... A....LDM.M .S.L....V. NC_000889 ...S...... ......V..T A......... .......... .....P..I. .MSM....V. NC_001601 .......... .........T T......... .......... .....LY.M. .MSL....V. NC_002503 ...S...... .........S T..V...... I......... .....M..M. .MSL....I. NC_001643 ..M....... ......T..M ...L...... ...I..M... .S.L.V.... .LS....MA. NC_001644 ..M....... ......T..M ...L...... ...I..M..M .S.L.V.... .LS....MA. NC_001645 ..M....... ......T..M ...L...... ...M..M... .S.T.VS... .LS.....A. NC_001807 ..M....... ......T..T ...L...... ...I..M... ...L.VS... .LS....MA. NC_002083 ..M....... ......V..T ...L...... ...I..M..M .S.VDT.I.. .LS.....V. NC_001569 .........L .........H M......... I......I.. Y.LL.STII. ML..T..FM. NC_004025 ..MT...... .......S.M ..ML...... ...I...L.. F..M.P.II. LI......V. NC_001913 ..M....... ......V..K .......... .......... .....PTMMM SV.....MV. NC_002658 M......L.. ...M.....M A.M....... I...I.MI.. A..L.NMIT. SL..M...M. NC_000891 .......Y.. ...L..SS.M ..M....... ...I..I... ..TL.MDI.. .L..S.T.L. NC_001610 .......... .........L ..ML...... I..I..F... ...L.MS..M ILS.T.T.L. 430 440 450 460 470 480 CONSENSUS GWGGLNQTQL RKILAYSSIA HMGWM.AIL. YNPT.T.LNL .IYI.MT.T. FMLF..NSST NC_001325 .......... .......... .....TV..T ....LMV... T...T..LST ....MH.... NC_001602 .......... .......... .....AV..T ....LMI... T...T..LST ....MH.... NC_003428 .......... .......... .....A..MV ....LMI... T...M..LGT ....MY.L.. NC_001700 .......... ...M...... .....T..MM .S..MMI... T...I..L.T ....MH..T. NC_002008 .......... ...M...... .....A..IT ....MMV... TL..L..LST ....ML.... NC_004023 .......... .......... ....ITI.VM ....LML... M...T..LGT ....MY.... NC_004029 .......... .........T .....AI.MM ....L.L... A...T..LGT ....IH.... NC_000845 .......... ...M...... .....T.V.P ..T.M.I... L...T..LAM ...LIHS.A. NC_001567 .......... ...M...... .....T.V.P ....M.L... I...I..S.M .TM.MA..T. NC_001640 .......... ...M...... .....T.V.V ....L.M..M L...M..L.M ....IHS... NC_001808 .......... ...M...... .....T...T ....M.A..M L...M..L.T ....ML.... NC_000889 .......... ...M...... .....A...I ....M.I... T..LMT.F.M .TM.AL..T. NC_001601 .......... ...M...... .....TT..P ....L.L... L...T..F.M ....IQ..T. NC_002503 .......... ...M...... .....TT..P ..T.M.L... L..VT..F.M .T..IQ..T. NC_001643 S......... .........T .....M.V.P ...NM.I... T...IL.T.A .L.LNL.... NC_001644 S......... .........T .....M.V.P ...NM.I... T...IL.T.T .L.LNL.... NC_001645 S......... .........T .V...M.V.P ...NM.I... T...IL.T.T .L.LNLS... NC_001807 S......... .........T .....M.V.P ...NM.I... T...IL.T.A .L.LNL.... NC_002083 .......... .........T .....M.V.P ...DI.I... I...IL.T.A .LILDL...V NC_001569 A........M ...M...... .....L...P ...SL.L... M...IL.APM ..ALML.N.M NC_004025 .......... .......... .....M...M .W.SL.M... L..LML.I.L .SVLNI.TN. NC_001913 .......... .......... .....A..IT F..NTMV... I...L..IPM ..M.MQH... NC_002658 .......... ...M.....S .....T..MI .STSIVLI.. T...VL.LPM ..M.MYFPN. NC_000891 ..N....... ..VM...... .....VL.II .F..L.T... TL..MS.VAL .TV.HTTNI. NC_001610 .......... .......... .....AI.IM IY.SL.I... IL.LAS.I.M ..VLNQS... 490 500 510 520 530 540 CONSENSUS TTLSLS.TWN K.P..T.LIL .TLLSLGGLP PLSGF.PKWM IIQELTKN.. II.PT.MAI. NC_001325 ......N... .L.LM.S... MLMM...... .....A.... ........DM ..L..F...T NC_001602 ......N... .L.LM.S... VLMM...... .....A.... ........DM ..L..F...T NC_003428 ......H... .L.LIAS... ALM....... .....I.... ........DM .VM.MF..TT NC_001700 ..A...Q... .T.LI.S... VLMM...... .....I.... ........EL .MM..LL.MT NC_002008 ......HM.. .F.LI.SM.. ILM....... .....I.... ........NM ..I..L...T NC_004023 ......H... .L.FM.S... VLM....... .....V...L ........DM ..L..F.T.T NC_004029 ......H... .L.LM.SM.. MLM....... .....V.... ........DM ..L.MF..MS NC_000845 ......H... .M.VI.S.MM V....M.... .....M.... ....M...ES ..M..L..MT NC_001567 ......H... .T.IM.V... A....M.... .....M.... ....M...NS ..L..F...T NC_001640 ......H... .M.LT.T... I....M.... .....M.... ........SS ..L..L...M NC_001808 ......H... .T.LI.S... I.M....... .....I.... ........DS ..L..S...M NC_000889 ......H... .T.II.T.M. TI...M.... ..T..V.... ....M...DS ..L..L...M NC_001601 ......Q... .T.II.T.TM L....M.... .....M.... ........DI L.M..F...T NC_002503 ......Q... .T.IT.T.TM L....M.... .....I.... ........EA L.M..F..TT NC_001643 ...L..R... .LTWL.P..P S......... ..T..L...V ..E.F...NS L.I..I...I NC_001644 ...L..R... .LTWL.P..P S......... ..T..L...V ..E.F...NS L.I..T...I NC_001645 ...L..R... .LTWL.P..P S......... ..T..L...L ..E.F...ND L.T..I...I NC_001807 ...L..R... .LTWL.P..P S......... ..T..L...A ..E.F...NS L.I..I..TI NC_002083 .I.M.TR... .LTWLMP..P S......... ..T..L...A ..E.FA..GN L.T..I...I NC_001569 .IN.I.LL.. .T.AMLTM.S LM........ ..T..L...I ..T..M..NC L.MA.L..MM NC_004025 ...T..N... .T.MI.LT.. IS........ ..T..L...T ........SN .MLA.I...M NC_001913 ......QM.. .N.LMVST.. I..M...... ..T..I...I ........GN ..L..A..ML NC_002658 N..T..LN.. SM.LM.M.T. TV........ ..T..L.... ....MIN.NS .TM.VT...M NC_000891 K.KP..LM.. .A.IM.LA.I LL........ ..T..A...L V....I.HDN M.MA.VL..T NC_001610 KIN...IL.. .SAPNMII.T L......... ..T..M...L .L...INFNN .PLAMML.LS 550 560 570 580 590 600 CONSENSUS ALLNLYFYMR L.YST.LTMF PS.NNMKMKW QFE.K...LL PTLII.STML LPLTPM.S.M NC_001325 .......... .S...A.... ..V....... ...S.KII.. .P...I.... ..M...M.I. NC_001602 .......... .S.T.A.... ..V....... ...S.KII.. .P...I.... ..M...M.I. NC_003428 .......... .A.A.A.... ..A..T.... ...S.KMIF. .P..VA.... ......L.I. NC_001700 .......... .T.T.A.... ..N.S..... R..C.KMTF. .P.VVM.... ...A..L.I. NC_002008 ........L. .T...A.... ..T....... ...Y.KAT.. .P...T.... ......L.V. NC_004023 .......... .S.T.A..L. ..T....... ...N.KMT.. SP...I.... ..MA..M.I. NC_004029 .....H.... .S.T.T.... ..T....... ...S.KTV.. .P...L.... ..V...MII. NC_000845 .......... .A..SS.... ..T....... ...H.QMK.. ..M.VL..LV ..M..AL.S. NC_001567 .......... .T...T.... ..T....... ..PL.KMTF. ..MVVL...M ......L.V. NC_001640 .......... .T...S.... ..T....... ...T.RIT.. .P..VM.SL. ......L.I. NC_001808 .......... .T...S.... ..T....... ...N.RMNF. .....M..L. .....IM.T. NC_000889 .......... .T...T.... ..S....... ...A.HKT.. ..M..L.... ......LVV. NC_001601 .......... .T...A..L. ..T....... ..SP.RAP.. ..A.VI.... ......L.I. NC_002503 .......... .T...A..L. ..T....... ..YP.RMT.. ..A.VM.... ......L.T. NC_001643 T.......L. .I...SI.LL .MS..V.... ...H.PTPF. ....TLT.L. ..IS.FMLM. NC_001644 T.......L. .I...SI.LL .MS..V.... ...H.PTPF. ....TLT.L. ..IS.FMLM. NC_001645 T.......L. .I...SI.LL .MS..V.... .L.Y.PTPF. ....TLT.L. ..IS.FMLM. NC_001807 T.......L. .I...SI.LL .MS..V.... ...H.PTPF. ....ALT.L. ..IS.FMLM. NC_002083 T.......V. .I.A.SI.LL .MS..A.... ...N.PTP.. ...T.LT.L. ..IS.LILS. NC_001569 .....F..I. .I...S.... .TN..S..MT HQTK.PNLMF S..A.M...T ...A.QLIT. NC_004025 .......... .I...S.... .TL....... ..QQ.QIF.. SP.V.LA.LT ...S.ALLT. NC_001913 .......... .I..SS.... .TT..L.... ...S.RMP.I TP...L.... .....AL.V. NC_002658 .....F.... .V...T..L. ..T..L.F.. T.QPTTMPMI TP...I..L. ...A.IVTF. NC_000891 .....F.... II..ST..T. .TT..N.FH. YSKS.NPLS. ...V.L..T. ......FIT. NC_001610 T....F.... II..ST.... ..I..T..Q. TLYS.TISPI ...T.I.SL. ..M..VFIT. 610 620 630 640 650 660 CONSENSUS F.NRWLFSTN HKDIGTLYLL FGAWAGMVGT ALSLLIRAEL GQPGTLLGDD QIYNVIVTAH NC_001325 .M........ .......... .......... .......... ....A..... .......... NC_001602 .MD....... .......... .......A.. .......... ....A..... .......... NC_003428 .M........ .......... .......... .......... ....A..... .....V.... NC_001700 .M........ .......... .......... .......... .......... .......... NC_002008 .I........ .......... .......... .......... .......... .......... NC_004023 .V........ .......... .......A.. .......... .......... .......... NC_004029 .M........ .......... .......A.. .......... .......... .......... NC_000845 .V....Y... .......... .......... .......... .......... .......... 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NC_001913 .V........ .......... .......... .......... .......... .......... NC_002658 .I........ .......... .......... .......... .......... .......... NC_000891 .I........ .......... .......A.. ...I...S.. ....S..... .......... NC_001610 .I........ .......... .......... .......... ......I... .......... 670 680 690 700 710 720 CONSENSUS AFVMIFFMVM PIMIGGFGNW LVPLMIGAPD MAFPRMNNMS FWLLPPSFLL LLASSMVEAG NC_001325 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_001602 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_003428 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_001700 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_002008 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_004023 .......... .......... .......... .......... .......... .....L.... NC_004029 .......... ...T...... .......... .......... .......... .......... 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NC_001569 .......... ....PV.... .......... .......... .......... .....T.... NC_004025 .......... .......... .......... .......... ......V... .......... NC_001913 .......... .......... .......... .......... .......... .A........ NC_002658 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_000891 .......... .......... ....A..... .......... .......... .......... NC_001610 .......... .......... ....A..... ...I...... .......... .......... 790 800 810 820 830 840 CONSENSUS PLFVWSVLIT AVLLLLSLPV LAAGITMLLT DRNLNTTFFD PAGGGDPILY QHLFWFFGHP NC_001325 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_001602 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_003428 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_001700 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_002008 .......... .......... .......... .......... .......... .......... 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NC_002008 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_004023 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_004029 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_000845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_001567 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_001640 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_001808 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_000889 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_001601 .......... .......... .......... ..I...V... .......... .......... NC_002503 .......... .......... .......... ......I... .......... .......... NC_001643 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_001644 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_001645 .......... .......... .......... .......... .......... .......... 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NC_001700 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_002008 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_004023 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_004029 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_000845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_001567 .......... .......... .......... .......M.. .......... .......... NC_001640 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_001808 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_000889 .......... .......... .......... .......M.. .......... .......... NC_001601 .......... .......... .......... ......LM.. .......... .......... NC_002503 ......V... ........I. .......... ......LM.. .......... .......... NC_001643 .......... .......... ........S. M...A.V... .......... .......... NC_001644 .......... .......... ........S. M...A.V... .......... .......... NC_001645 .......... .......... ........S. T...A..... .......... .......... NC_001807 .......... .......... ........S. M...A.V... .......... .......... NC_002083 .......... .......... ........S. T...A.I... .......... .......... NC_001569 ..C....... .......... .......... .......... .......... .......S.. NC_004025 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_001913 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_002658 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_000891 .......... .......... .........D ...T.P.... .......... .......... NC_001610 .......... .......... .......... .......... ........I. .......... 970 980 990 1000 1010 1020 CONSENSUS SLDIVLHDTY YVVAHFHYVL SMGAVFAIMG GFVHWFPLFS GYTLD.TWAK IHF.IMFVGV NC_001325 .......... .......... .......... .......... ..M..D.... ...T...... NC_001602 .......... .......... .......... .......... .....N.... ...T...... NC_003428 .......... .......... .......... .......... ....NN.... ...M...I.. NC_001700 .......... .......... .......... .......... .....N.... ...T...... NC_002008 .......... .......... .......... ..A....... ....ND.... ...T...... NC_004023 .......... .......... .......... .......... .FM..S.... ...T...... NC_004029 .......... .......... .......... .......... .F..NN.... ...T...... NC_000845 .......... .......... .......... .......... ....NQA... ...V...... NC_001567 .......... .......... .......... .......... ....ND.... ...A...... NC_001640 .......... .......... .......... .......... ....NQ.... ...T...... NC_001808 .......... .......... .......... .......... ....NQ.... ...T...... NC_000889 .......... .......... .......... .......... ....ND.... ...V...... NC_001601 .......... .......... .......... .......... ....NT.... ...L...... NC_002503 ...V...... .......... .......... .......... .....P.... ...L...... NC_001643 .......... .......... .......... ..I....... .....Q.Y.. .Q.A...I.. NC_001644 .......... .......... .......... ..I....... .....Q.Y.. .Q.A...I.. NC_001645 .......... .......... .......... ..I....... .....Q.Y.. ...A...I.. NC_001807 .......... .......... .......... ..I....... .....Q.Y.. ...T...I.. NC_002083 .......... .......... .......... ..I....... .....Q.Y.. ...IT..I.. NC_001569 .......... .......... .........A .......... .F...D.... A..A...... NC_004025 .......... .......... .......... .......... .....N.... ...S...... NC_001913 .......... .......... .......... ..A....... .....P.... ...TV..... NC_002658 .......... .......... .......... .......... ....NNS... ...FV..M.. NC_000891 ....I..... .......... .......... ........L. .F..HP.... V..TL..... NC_001610 .......... .......... .......... .........T ..M.NDM... ...F...... 1030 1040 1050 1060 1070 1080 CONSENSUS NMTFFPQHFL GLSGMPRRYS DYPDAYTTWN T.SSMGSFIS LTAVMLMIFM IWEAFASKRE NC_001325 .......... .......... .......... .V........ .......V.. .......... 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NC_001643 .L........ .......... .......... VL..V..... .......... .........K NC_001644 .L........ .......... .......... VL..V..... .......... .........K NC_001645 .L........ .......H.. .......... IL..V..... .......... .........K NC_001807 .L........ .......... .......... IL..V..... .......... .........K NC_002083 .L........ .......... .......... IL..A..... .......... .........K NC_001569 .......... .......... .......... .V........ ....LI.... .......... NC_004025 .......... .......... .......M.. .V..I..... .......... .......... NC_001913 .L........ .......... .......M.. .V........ .....V.... .......... NC_002658 .......... .......... .......... .I........ .....M.... .......... NC_000891 .L........ ..A....... .......L.. AL..L...V. .....V.... .......... NC_001610 .L........ .......... .......M.. VV..I..... ....I..V.I .......... 1090 1100 1110 1120 1130 1140 CONSENSUS V..VELT.TN LEWLHGCPPP YHTFEEP.YV ..MAYP.QLG FQDATSPIME ELLHFHDHTL NC_001325 .AA....T.. I......... .......T.. VL....L.M. L......... .......... NC_001602 .AA....T.. I......... .......T.. VL....L.M. L......... .......... NC_003428 .AV....S.. I......... .......A.. TL..C.F.M. L......... .......... NC_001700 .AM....T.. .......... .......T.. LL....F... .......... .......... NC_002008 .AM....T.. I......... .......T.. IQ....F... L......... .......... NC_004023 .ETI...S.. M......... .......T.I VS....F.M. L......... ..T....... NC_004029 .EA....SS. I......... .......A.. MS....L.M. L......... .......... NC_000845 .SA....S.. .......... .......T.I NL....F... .......... .......... NC_001567 .LT.D..T.. ....N..... .......T.. NL....M... .......... .......... NC_001640 .ST....S.. .......... .......T.. NL....F... .......... .......... NC_001808 .ST....TS. .......... .......V.. NL....F... .......... .......... NC_000889 .LA.D..T.. ....N..... .......A.. NL....L... ....V..... ...Y...... NC_001601 .LA.D..Y.. ....N..... .......AF. NP....F... .......... .......... NC_002503 .TSMH..S.. ....N..... .......V.I NP....L... .......... .......... NC_001643 .LM..EPSA. ....Y..... .......V.M KS..HAA.V. L......... ..II....A. NC_001644 .LM..EPSA. ....Y..... .......V.M KS..HAA.V. L......... ..II....A. NC_001645 .LMI.EPS.. ....Y..... ......SV.M KS..HAA.V. L......... ..II....A. NC_001807 .LM..EPSM. ....Y..... .......V.M KS..HAA.V. L......... ..IT....A. NC_002083 .PM..QPS.S ....Y..... .......V.M KP..HAA.V. L......... ..VI....A. NC_001569 .MS.SYAS.. .......... .......T.. KV....F... L......... ..MN...... NC_004025 .LM....P.. .......... .......A.. KV....V... ....A..... ...Y...... NC_001913 .ETI...T.. .......... .......AF. KA....F... ....S..... .......... NC_002658 .LNI.I.H.. .......... .......AF. NT....YEM. .......... ...N...... NC_000891 .LS....T.. I......... .....Q.V.I KA....L... .......... .......... NC_001610 .LD....T.. I...Y..... .....Q.VFI KA.P..M... .......... ..MY...... 1150 1160 1170 1180 1190 1200 CONSENSUS MIVFLISSLV LYIISLMLTT KLTHTSTMDA QEVETIWTIL PAIILILIAL PSLRILYMMD NC_001325 .......... .......... .......... .....V.... .......... .......... NC_001602 .......... .......... .......... .....V.... .......... .......... NC_003428 .......... .....T.... .......... .....V.... .......... .......... NC_001700 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_002008 .......... .......... .......... .....V.... .......... .......... NC_004023 .......... .....T.... .......... .....V.... ......M... .......I.. NC_004029 .......... .....T.... .....N.... .....V.... ......M... .......... NC_000845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_001567 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_001640 .......... .....S.... .......... .......... .......... .......... NC_001808 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_000889 .......... ....T..... .....N..N. .....V.... .......... .......... NC_001601 .......... ....T..... .......... .....V.... .......... .......... NC_002503 .......... ....T..... ....IN.... ........V. .......... .......... NC_001643 ..I...CF.. ..ALF.T... ...N..IS.. ..M..V.... .....V.... ........T. NC_001644 ..I...CF.. ..ALF.T... ...N..IS.. ..M..V.... .....V.... ........T. NC_001645 ..I...CF.. ..ALF.T... ...NNNIS.. ..M....... .....V.... ........T. NC_001807 ..I...CF.. ..ALF.T... ...N.NIS.. ..M..V.... .....V.... ........T. NC_002083 ..I...CF.. ..ALF.T... ...N..IS.. ..M....... .......... .......LT. NC_001569 .......... .......... .......... .......... ..V...M... .......... NC_004025 ..M....... .......... E.M..N.... .....V.... ..A....... .......... NC_001913 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_002658 .......... ..L....... .......... ..I....... ......M... .......... NC_000891 .......... .....T.... .....N.... .......... .......... .......... NC_001610 .......... ....I..... .......... .......... ..V....... .......... 1210 1220 1230 1240 1250 1260 CONSENSUS EINNPSLTVK TMGHQWYWSY EYTDYEDL.F DSYMIPT..L KPGELRLLEV DNRVVLPMEM NC_001325 .......... .......... ........N. .......QE. .......... .......... NC_001602 .......... .......... ........N. .......QE. .......... .......... NC_003428 .......... .......... ........N. .......QE. .......... .......V.. NC_001700 .......... .......... ........N. .......QE. .......... .......... NC_002008 .......... .......... ........N. .......QE. .......... .......... NC_004023 .......... ........T. ........S. .......QE. .......... .......... NC_004029 ...S.F.... .......... ........S. ....V..QE. .......... ...M...... NC_000845 .....A.... .......... ........T. .......SD. ....M..... .......... NC_001567 .......... .......... ........S. .......SE. .......... .......... NC_001640 .......... .......... ........T. .......SD. .......... .......... NC_001808 .......... .......... ........T. .......SD. .......... .......... NC_000889 .......... .......... ........N. ....V..SD. ...D...... ........DV NC_001601 .V........ .......... ........S. .......SD. .......... .......... NC_002503 ...S...... .......... ........S. .......SD. ...D...... ...M...... NC_001643 .V.D..F.I. SI......T. .....GG.I. N...L.PLF. E..D....D. .......V.A NC_001644 .V.D..F.I. SI......T. .....GG.I. N...L.PLF. E..D....D. .......V.A NC_001645 ...D..F.I. SI......T. .....GG.I. N...L.PLF. E..D....D. .......V.A NC_001807 .V.D....I. SI......T. .....GG.I. N...L.PLF. E..D....D. .......I.A NC_002083 ...D..F.I. SI......T. .....GG.I. N...L.PLF. E..D....D. .......V.A NC_001569 .....V.... .......... ........C. .......ND. .......... .........L NC_004025 ..TT....L. .......... ........C. ....T.SSD. .......... .......T.L NC_001913 .......... .......... ........N. .......SD. N..D...... .........L NC_002658 .....LM... .......... ......E.N. .......TD. ....F..... ...L.....L NC_000891 .....N..I. .L........ ..S.....S. .......QD. L..Q...... ..HL...I.L NC_001610 ..Y..Y.... A......... .F....N.M. .......KD. S..Q...... ...I.....L 1270 1280 1290 1300 1310 1320 CONSENSUS TIRMLISSED VLHSWAVPSL GLKTDAIPGR LNQTTLMATR PGLYYGQCSE ICGSNHSFMP NC_001325 .......... .......... .......... .......TM. .......... .......... NC_001602 .......... .......... .......... ........M. .......... .......... NC_003428 .......... .......... .......... ........M. .......... .......... NC_001700 .......... .......... .......... .......... .......... .......... NC_002008 .......... .......... .......... ........M. .......... .......... NC_004023 .......... .......... .......... ........M. .......... .......... NC_004029 .V........ .....T.... .......... ........M. .......... .......... NC_000845 .....V.... .......... .......... .......S.. .......... .......... NC_001567 .....V.... .......... .......... .......SS. .......... .......... NC_001640 .......... .......... .......... ......V.S. .......... .......... NC_001808 .......... .......... .......... ......VS.. .......... .......... NC_000889 .V........ .......... .......... .......S.. ...F...... .......... NC_001601 .....V.... .......... .......... .......S.. ...F...... .......... NC_002503 ...V.V.... .......... .......... .......S.. ...F...... .......... NC_001643 PV..M.T.Q. ........T. .......... .....FT... ..V....... ...A...... NC_001644 PV..M.T.Q. ........T. .......... .....FT... ..V....... ...A...... NC_001645 PV..M.T.Q. ........T. .......... .....FT... ..V....... ...A...... NC_001807 P...M.T.Q. ........T. .......... .....FT... ..V....... ...A...... NC_002083 PV..M.T.Q. .....T.... .......... .....FT... ..V....... ...A...... NC_001569 P......... .......... .......... ...A.VTSN. ...F...... .......... NC_004025 AV........ .....T.... .V........ ...A....S. ..V....... ...A...... NC_001913 P......... .......... .......... ...A..IS.. ...F...... .......... NC_002658 P......... .....T.... .......... .......S.. ...F...... .......... NC_000891 P......... ......L..M .......... ...A.ITS.. ...F...... .......... NC_001610 P......... ...A.TM... ...A...... ...I..TSS. ..VF...... .......... 1330 1340 1350 1360 1370 1380 CONSENSUS IVLELVPLK. FE.WS.SMMP QLDTSTW..T I.SMILTLFI .FQLK.SK.. Y...P..K.. NC_001325 ........SH ..K..T.... .......LIM .L........ T....V..HY FPTN.EP.HT NC_001602 ........SH ..K..T.... .......LIM .S........ T.H..V..HY FPTN.EP.HT NC_003428 ........SY ..E..A.... .......SI. .L..V..... AL...V..YK .PEI.EP.SL NC_001700 ........TY ..K..A.... .......SI. .M...M.... V....I..YL .PSN.EP.SM NC_002008 ....M...SY ..T..AL... .......FIM .F..F..... L....I.NHY .PEN.MT.SA NC_004023 ..I.SI..SC ..K..A.... .......ST. .V........ I....I..HH FPMS.EL.PL NC_004029 ....S...SY ..K..A.I.. .......FTV .V.T...... V....I..HS LQTSLEL.ST NC_000845 .........Y ..K..T.... .......FI. .T...M.... L....I.NYS .PAS.ESIEL NC_001567 .........Y ..K..A.... .......LTM .L..F..... I....V..HN FYHN.ELTPT NC_001640 .........H ..E..A.... .......FIN .V........ V....I..HS .PTH.EV.TT NC_001808 .........H ..K..A.... .......SI. .V...I.... M....L..YS .PSS.EL.LT NC_000889 ........QT ..K.TA.L.. .......FT. .L..F..... I....I..HT .HPN.ETTLP NC_001601 ........EF ..K..A.... .......LL. .L..L....V L....I..HS .SPN.KLVPT NC_002503 ........EN ..K..I.... .......FL. .L.VM....T LL.P.I.MHL .TPN.KPMPT NC_001643 .....I...I ..MGPVFT.. ..N.AV.PTM .TP.L....L VT...MLNSN .HLP.SP.PM NC_001644 .....I...I ..MGPVFT.. ..N.AV.PT. .TP.L....L IT...MLNSN .HLP.SP.PM NC_001645 .....I...I ..MGPVFA.. ..N.TV.PTM .AP.L....L IT...VLNTN .HLP.LP.TM NC_001807 .....I...I ..MGPVFT.. ..N.TV.PTM .TP.L....L IT...MLNTN .HLP.SP.PM NC_002083 .....I...I ..MGPVFT.. ..N.T..PTI .TP.L.A..L IT...LLNSH LHPPTPP.FT NC_001569 ....M....Y ..N..A.... .......FI. .I.SMI.... L....V.SQT FPLA.SP.SL NC_004025 .........H ..E.LL.... .......LI. .L......L. V....I..FN .PLN.TM.NI NC_001913 ....M....H ..N..L.... .......FT. .VA...S... LM...FH.YT .PMN.VL.AL NC_002658 ..I.M...QT ..N..TTI.. .......AL. .I...I...Y F..K.MMSYY .YNISQL.PM NC_000891 ....M....Y ..N.TS.... .......YT. .LL...AI.C I....MI.HL .MNVLILNQE NC_001610 ....MAS..Y ..K..SM... ..N....TL. .SL..IS..C IY...MMNQT LIQI.STEQS 1390 1400 1410 1420 1430 1440 CONSENSUS K..K...PWE .KWTKIYLPL SMNENLFASF .TPT..GLPI V.LII.FPSI LFP.P.RLIN NC_001325 PLL.NSA... E......S.. .......... A...MM.... .I..VL.... ...S.D.... NC_001602 LLL.NSA... E......S.. .......... T...MM.... .I..VL.... ...S.D.... NC_003428 SSS.KLV... E......... L......T.. I...MV.I.. .P...M.... ...S.S...D NC_001700 TTL.QRN... K......S.. .......... T...MM.... .I...M.... ...S.N.... NC_002008 .IAGQHN... N......SL. .......... AA.SMM.... .V..VM.... ...T.S.... NC_004023 STS.TNT... K......... .......T.. AS..MM.... .T...L...M ...S.G.... NC_004029 LPL.TNA..D K......... .......T.. TS..MM.F.V .M...L.... M..S.D.... NC_000845 .TQ.HST... M......... L......... IA..MM.... .T...M...L ...T.K.... NC_001567 .ML.QNT... T......... L......T.. I..VIL...L .T..VL...L ...TSN..VS NC_001640 .MT.HSA... S......S.. .......... A...MV.... .I...M.... ...S.N.... NC_001808 .TPTHTT... S....T.... .......T.. A...IM.... .I...M.... M..S.N.... NC_000889 MTQ.QPT... T......S.. .......... I...IL...L .T...M...M ...A.TL..T NC_001601 .TQ.QQT..N IT........ L.......P. MI.VML.I.. TT...IL... ...A.N.... NC_002503 .TQ.QHS..N TA........ L..Q...T.. M..VML.I.. IT...M..T. ...A.T.... NC_001643 .MKNYNK... P......SLH .......... AA..IL...A AV...L..PL .V.TSKH... NC_001644 .MKNYNK... P.....CSLH .......... AA..IL...A AV...L..PL .V.TSKH... NC_001645 .MKNFCK... P......SLH .......... IA..IL...A AV...LL.PL .I.TSKY... NC_001807 .MKNYNK... P.....CSLH .......... IA..IL...A AV...L..PL .I.TSKY... NC_002083 .PKLHAK..G P....V...H ....S..TP. I...VL...A AV.V.L..PL .I.TSKH... NC_001569 TTM.VKT... L........H .......... I...MM.F.. .VA..M.... ...SSK.... NC_004025 NKDLYTN... T......... .......... I...IV.I.. .I...MT.Y. I..S.T.... NC_001913 ESTSFPC... T......S.. .......S.. A...LM.... .A...M..TL ...S.S.... NC_002658 .TP.HLT... K....T.S.. .......S.. M..SLI.I.M ITM..L..T. ...T.N.... NC_000891 LFI.HQT..H S........P ........P. I...VL.ISV LP..MI..CL ..STSN.WVP NC_001610 .LT.HTL... K........H ........P. I...IL.ITT LPI..T..CL ILSS.K.WLP 1450 1460 1470 1480 1490 1500 CONSENSUS NRL.S.QQWL IQLTSKQMM. IHN.KGQTW. LMLMSLILFI GSTNLLGLLP HSFTPTTQLS NC_001325 ...A.I.... ........LS ...R.....A ...I...... .......... .......... NC_001602 ...T.I.... ........LS ...H.....A ...I...... .......... .......... NC_003428 ...V.I.... VR......LS ..SH.....A .......... .......... .......... NC_001700 ...V.L.... V.......LA ...H.....A .......... .......... .......... NC_002008 ...I.I.... ........LA ...Q..R..A .......... .......... .......... NC_004023 ..FT.I.... .........L ...H.....T .......M.. .......... .......... NC_004029 ...A.I.... .........S ...H.....T .......M.. .......... .......... NC_000845 ..TI.I.... .........A ...Q.....S .......M.. ....I..... .......... NC_001567 ..FVTL...M L..V.....S ...S.....T .......... .......... .......... NC_001640 ...I.I.... V........A ...S.....T .......... .......... .......... NC_001808 ...V.T.... L.......LS ...N.....A .......... .......... .......... NC_000889 ...V.I.... ...V.....N ...H.....T .......... .......... .......... NC_001601 ..TI.I.... TK.....L.S V.SP.....S ...I..F... A......M.. .......... NC_002503 ..TI.I.... TKFR...L.I T..S.....S .L.V...... T......M.. .......... NC_001643 ...ITT.... .........T M.ST..R..S ...V...I.. TT........ .......... NC_001644 ...ITT.... .........T M..T..R..S ...V...I.. AT........ .......... NC_001645 ...IAT.... .........T M..A..R..S ....W..I.. AT........ .......... NC_001807 ...ITT.... .K.......A M..T..R..S ...V...I.. AT........ .......... NC_002083 ...III.... .R.IL....T T..A..R..S ...T...I.. A......... Y......... NC_001569 ...H.F.H.. VK.II....L ..TP..R..T ..IV...M.. .......... .T........ NC_004025 ...T.L.... V..IL..L.S ...T..R..S ...I...... .......... .......... NC_001913 ...V.T.... A..IL....L M.SP..R..S ...I...M.. .......... .......... NC_002658 ...I.L.... MN.VL....T M.TP..R..S ....T..M.. A......... .......... NC_000891 ...IAL.L.. VR.IT....M M..KQ.RM.T ...IT..I.. A......... YT........ NC_001610 ..IQIL.M.. .R.IT....T M..KQ.R..T .......... A......... Y......... 1510 1520 1530 1540 1550 1560 CONSENSUS MNLGMAIPLW AGTVI.GFR. KTKASLAHFL PQGTP.PLIP MLVIIETISL FIQPMALAVR NC_001325 .......... .....T...H .......... .....L.... .......... .......... NC_001602 .......... .....T...H .......... .....L.... .......... .......... NC_003428 .......... ....AT...Y .......... .....F.... .......... ....V..... NC_001700 .......... .....T...H .......... .....V.... ...V...... .......... NC_002008 .......... .....T...Y .......... .....L.... ...V...... .......... NC_004023 .......... ....AM.L.H .......... .....S.... ......S... L......... NC_004029 .......... ..A..T...Y .......... .....L.... .......... ....I..... NC_000845 .......... SA..FT...Y ...T...... .....AL... .......... ....V..... NC_001567 .......... ..A..T...N .......... .....T.... .......... .......... NC_001640 .......... ....FM...H ....A..... .....IF... .......... ....V..... NC_001808 .......... ....FL...H .......... .....VF... .......... ....V..... NC_000889 .......... .....M...N ...I...... .....T.... .......... .......... NC_001601 ..V....... ....AT...N ...M....L. .....TF... .......... ....V..... NC_002503 ..M...V... .....M...N .......... .....TF... .......... L...V..... NC_001643 ...A...... ..A.VM...F ...NA..... .....T.... .......... L......... NC_001644 ...A...... ....VM...F ...NA..... .....T.... ..I....... .......... NC_001645 ...A...... ..A.TT...S ...NA...L. .....T.... .......... .......... NC_001807 ...A...... ..A..M...S .I.NA..... .....T.... .......... L......... NC_002083 ...A...... .S..AM.L.F .A.IT.T.L. .....T.... ..I....V.. ....L..... NC_001569 ...S...... ..A..T...H .L.S...... .....IS... ..I....... .......... NC_004025 .......... .A...K...H .......... .....I.... .......... .......... NC_001913 .......... ..A..T...Y .......... .....I.... ..IV...... .......... NC_002658 .......... FA..VL...H .A.K...... .....I.... ..I....... ....V..... NC_000891 ..M....... M...LM...N .P........ .....T.... ..I....... ....L..... NC_001610 ..I....... .....M...N .P.M...... .....T.... ..I....... ....L..... 1570 1580 1590 1600 1610 1620 CONSENSUS LTANITAGHL LMHLIGGATL AL..IS..TA LITFTILILL TILEFAVALI QAYVFTLLVS NC_001325 .......... .I........ ..MD..TA.. F......... .......... .......... NC_001602 .......... .I........ ..MD..TT.. F...IV.... .......... .......... NC_003428 .......... .I........ T.TS..TI.. F....V.V.. .......... .......... NC_001700 .......... ........A. ..MN..TSI. .......... .......... .......... NC_002008 .......... .I........ ..IN..AT.. F...I..... .......... .......... NC_004023 .......... .I........ ..TN..MI.. ....I..... .......... .......... NC_004029 .......... .......... ..TN..MT.. ....I..... .......... .......... NC_000845 .......... .I........ ..LN.NTM.. F......... .......... .......... NC_001567 .......... .I........ ..MS..TT.. .......... ........M. .......... NC_001640 .......... .......... ..MS..PS.. ....I..... ........M. .......... NC_001808 .......... .......... ..MN..PT.. ....I..... .......... .......... NC_000889 .......... .......... ..MN..MT.. ....I..V.. .A......M. .......... NC_001601 .......... ......ET.. V.MST.LF.. I......A.. .....R.... .......... NC_002503 .......... ......M... ..MS..LF.. F...I..T.. .......... .......... NC_001643 .......... ......S... ..ST.NLPY. ..I....... ....I..... .......... NC_001644 .......... ......S... ..ST..LPST ..I....... .V..I..... .......... NC_001645 .......... ......S... .MSTTNLPST ..I..V.... .M..I..... .......... NC_001807 .......... ......S... .MST.NLPST ..I....... ....I..... .......... NC_002083 .......... ......SSA. .MLA.NLPLT ...L...T.. ....T.I... .......... NC_001569 .......... .......... V.MN..PP.. T...I..L.. .......... .......... NC_004025 .......... .......... V.TS..PA.. S...I..T.. .......... .......... NC_001913 .......... ........A. ..VS..PT.. ....I..... .......... .......... NC_002658 .......... .I...SA... T.MS.NFP.. T.L....... ....L...V. .......... NC_000891 .......... .I....S... ..SS..LTVS T......F.. .......... .......... NC_001610 .......... .I....S... ..SS..MTVS T...S..F.. .L..I...M. .......... 1630 1640 1650 1660 1670 1680 CONSENSUS LYLHDNTMTH QTHAYHMVNP SPWPLTGALS ALLMTSGL.M WFHFNS..LL .LGL.TN.LT NC_001325 .......... .......... .......... ........I. ......MY.. M...T..T.. NC_001602 .......... .......... .......... ........I. ......MY.. M...T..T.. NC_003428 .......... .......... .......... ........I. ......ML.. L...T..M.. NC_001700 .......... .......... .......... ........A. ...Y.LTL.. T..MT..L.. NC_002008 .......... .......... .......... ........I. ...Y..MA.. T..FT..L.. NC_004023 .......... ...T...... .......... ........I. ......TH.. L...M..T.. NC_004029 .......... ...T...... .......... T.......I. ......TH.. L...M.SV.. NC_000845 .......... .......... .......... ........T. ......ML.. S...L..T.. NC_001567 .......... .......... .......... ........T. ......MT.. MI..T..M.. NC_001640 .......... .......... .......... ........A. ......TL.. AM..L..I.. NC_001808 .......... .......... .......... ........A. ...Y..ML.. T...M..L.. NC_000889 .......... .......... .......... ....S...T. ......LI.. TT..V..I.. NC_001601 .......... ...S...... .......... ........I. ......MI.. T...S..I.. NC_002503 .......... ...S...... .......... ........I. ......TI.. A...L..I.. NC_001643 .......... .S......K. .......... ........A. ....Y.TT.. T...L..T.. NC_001644 ........A. .S......K. .......... ........A. ....Y.TT.. T...L..T.. NC_001645 ....E...I. .S......K. .......... ........A. ....H.TT.. M...L..M.. NC_001807 .......... .S......K. .......... ........A. ....H.MT.. M...L..T.. NC_002083 ......S.A. .S......K. .......... ...T....T. ....H.TT.. LT..L..A.. NC_001569 .......... .......... ........F. ...L....V. ...Y..IT.. T...L..I.. NC_004025 .......... .......... .......... ........A. ......SM.. S..ML..L.. NC_001913 .......... .......... .......... ........A. ......PS.. LI..V..T.. NC_002658 .......... .......... .......... ...L...MI. ......NS.. MM..LG.A.. NC_000891 .......... .......... ........M. ...L....I. ......YT.. L...L..LIS NC_001610 ......S... .......... .......... ...L....I. ...Y..ST.M FM..T.ML.. 1690 1700 1710 1720 1730 1740 CONSENSUS MYQWWRDI.R ESTFQGHHTP .VQKGLRYGM ILFI.SEVFF FAGFFWAFYH SSLAPTPELG NC_001325 ........V. .......... I......... ....V..... .......... .......... NC_001602 ........V. .......... I......... ....V..... .......... .......... NC_003428 ........I. .......... V......... V...V..... .......... .......... NC_001700 ........I. .......... I......... ....I..... .......... .......... NC_002008 .C.....VI. .G........ I......... V...V..... .......... .......... NC_004023 ........V. .......... T......... ....V..... .......... .......... NC_004029 .C......V. .......... T......... ....T..... .......... .......... NC_000845 ........I. .........S V......... ....I...L. .T........ .......... NC_001567 .......VI. .......... A......... ....I...L. .T........ .......... NC_001640 ........I. .........S I......... ....I..... .S........ .......... NC_001808 ........V. .........L V......... ....I..... .S........ .......... NC_000889 .......VI. .......... V......... V...I...L. .T........ .......... NC_001601 ........I. .......... T......... ....V...L. .T........ .......... NC_002503 ........I. .......... T......... V...L..IL. .T........ .......... NC_001643 .......VM. .G.Y...... P......... ....T..... .......... .......Q.. NC_001644 .......VM. ...Y...... P......... ....T..... .......... .......Q.. NC_001645 .......VM. ...Y.....L P......... ....T..... .......... .......Q.. NC_001807 .......VT. ...Y...... P......... ....T..... .......... .......Q.. NC_002083 .......VV. ...Y.....L P......... ....T..... .......... .......Q.. NC_001569 .......VI. .G.Y...... I......... ....V..... .......... ...V..HD.. NC_004025 ........V. .G.......S I......... V...I..I.. .......... .......... NC_001913 ........V. .G........ I......... ....I..... .......... .......... NC_002658 ........I. .G.......S I......... ....I...L. .S........ .......... NC_000891 S.......V. .G.Y.....K I......... ....I..... .L........ .......... NC_001610 ........I. .G........ V......... ....L..... .I........ .......... 1750 1760 1770 1780 1790 1800 CONSENSUS GCWPPTGI.P LNPLEVPLLN TSVLLASGVS ITWAHHSLME GNRKHMLQAL FITI.LG.YF NC_001325 ........T. ...M...... .......... .......... .......... ....S..I.. NC_001602 ........T. ...M...... .......... .......... .......... ....S..V.. NC_003428 A.......T. .......... .......... .......... .S........ ....S..V.. NC_001700 ........I. .......... .......... .......... .......... ....S..V.. NC_002008 ........I. .......... .......... .......... .......... ....S..V.. NC_004023 ........T. .......... .......... .......... .......... ....L..L.. NC_004029 ........T. .......... .......... .....LC... .......... ....L..L.. NC_000845 ........H. .......... ..I....... .......... .D....I... S...A..V.. NC_001567 ........H. .......... .......... .......... .D........ ....T..V.. NC_001640 ........H. .......... .......... .......... ....N...G. ....S..V.. NC_001808 ........H. ...M...... .......... .......... .......... ....S..V.. NC_000889 ........N. .......... .......... .......... ....Q..... ....A..V.. NC_001601 ........H. .......... .......... .......... .......... ....A..L.. NC_002503 ........C. .D.FK..... .......... .........Q .D..Q..... ....A..L.. NC_001643 .H......T. .......... .......... .......... N..NQ.I... L...L..L.. NC_001644 .H......T. .......... .......... .......... N..NQ.I... L...L..L.. NC_001645 AH......T. .......... .......... .......... N..NQ.I... L...L..L.. NC_001807 .H......T. .......... .......... .......... N..NQ.I... L...L..L.. NC_002083 .H......I. .......... .......... .......... N..TQ.I... L...L..I.. NC_001569 ........S. .......... .......... .......... .K.N..N... L...M..L.. NC_004025 ........H. .......... .A........ .......... ...VQ..... L...T..L.. NC_001913 ........N. .......... .......... .......... ....N.Q... A...L..I.. NC_002658 .H......N. .......... .......... .......... ......I... L...I..I.. NC_000891 ........S. .......... ..I....... .......... ....Q..... T...A..L.. NC_001610 ........H. .......... ..I....... .......... ....Q.I... L...S..L.. 1810 1820 1830 1840 1850 1860 CONSENSUS TLLQASEYYE .PFTISDGVY GSTFFVATGF HGLHVIIGST FLIVCFLRQL KFHFTSNHHF NC_001325 .......... T.......I. .....M.... .......... ......V... .......... NC_001602 .......... T.......I. .....M.... .......... ......M... .......... NC_003428 .......... AS........ .....M.... .......... ..T....... H.....S... NC_001700 .......... TS........ .....M.... .......... .......... .Y........ NC_002008 .......... TS........ .....M.... .......... .......... YY........ NC_004023 .......... T......... .....M.... .......... ..T....... ......S... NC_004029 .......... TS......I. .......... .......... .......... .......... NC_000845 .......... A......... .......... .......... ..A..L.... .......... NC_001567 .......... A......... .......... .......... ......F... .......... NC_001640 .......... AS........ .......... .......... .......... ......S... NC_001808 .......... A.......I. .......... .......... .......... .......... NC_000889 ........H. AS........ .......... .......... .......... ......D... NC_001601 .......... A.......I. .......... .......... .........V .......... NC_002503 .......... T......... .......... .......... ..T......M .....P.... NC_001643 ........F. S.......I. .......... .......... ..TI.LI... M.....K... NC_001644 ........F. S.......I. .......... .......... ..TI.LI... M.....K... NC_001645 ........F. A.......I. .......... .......... ..TI.LI... M.....K... NC_001807 ........F. S.......I. .......... .......... ..TI..I... M.....K... NC_002083 ........I. A.......I. .....M.... .......... ..T..LA... L.....K... NC_001569 .I......F. TS.S....I. .....M.... .......... .....L.... ......K... NC_004025 ........F. TS........ .....M.... .......... ..T...F... S......... NC_001913 .......... TS........ .....M.... .......... ..T..L...F N......... NC_002658 .I..M..... SS......I. .......... ........T. ..T..L.... YY....S... NC_000891 .A...M.... AS........ .......... ........T. ...T.LV..T LY........ NC_001610 .I...M.... AS........ .......... .......... .....L.... FY....T... 1870 1880 1890 1900 1910 1920 CONSENSUS GFEAAAWYWH FVDVVWLFLY VSIYWWGMN. .L.L.TNT.L A.LLVLIAFW LPQLN.Y.EK NC_001325 .......... .......... .........M A.T.F...A. .S........ .....T.S.. NC_001602 .......... .......... .........M A.T.F...A. .S........ .....T.S.. NC_003428 .......... .......... .......I.L I.A.F..ML. .S........ .....I.A.. NC_001700 .......... .......... .........V M.A.L...L. ST........ .....I.A.. NC_002008 .......... .......... .........V M.T.M..VT. .S........ .....I.TD. NC_004023 .......... .......... .........M I.A.L...I. .S........ .....I.S.. NC_004029 .......... .......... .........M I.T.L...A. .S..M..... .....T.S.. NC_000845 .......... .......... .........I M.T.L..VT. .S........ .....A.S.. NC_001567 ....G..... .......... .........L M.A.L..FT. .T...I.... .....V.S.. NC_001640 .......... .......... .........L M.T.L...L. .S........ .....I.A.. NC_001808 .......... .......... .......I.L M.T.FI..S. .SV....... .....I.T.. NC_000889 .......... .......... .......I.L VMA.L...A. .S........ .....S.A.. NC_001601 ...R...... .......... .........L L.T.L...T. .L...F.... .....V.A.. NC_002503 .......... .......... .........I L.T.L...T. .L..M..... .....A.T.. NC_001643 ..Q....... .......... .........F V.I.M...L. .L..MI.T.. .....S.M.. NC_001644 .......... .......... .........F V.I.M...L. .L..MI.T.. .....S.M.. NC_001645 .......... .......... .........F A.I.M...L. .L..MI.T.. .....S.M.. NC_001807 .......... .......... .........F A.I.MI..L. .L..MI.T.. .....G.M.. NC_002083 .......... .......... .......I.F V.A.TV..L. .L..MT.T.. ....YP.M.. NC_001569 .......... ....I..... .......I.L YTVIFI.IL. SLT.I.V... ...M.L.S.A NC_004025 .......... .......... .......I.L P.A.T.SIT. TL...T.... .....V.T.. NC_001913 .......... .......... .........L M.V.LI..TI SLV..T.... .....I.S.. NC_002658 .......... .......... .........M M.A.SF.YL. TL..IT.... M..T.I.T.. NC_000891 .......... .......... .......I.L VIA.LI..G. .TI..MV... ....YT.L.. NC_001610 .......... .......... .......I.L IIT.I..SL. STIIII.... ....YL.L.. 1930 1940 1950 1960 1970 1980 CONSENSUS .PYECGFDPM GSARLPFSMK FFLVAITFLL FDLEIALLLP LPWASQT.NL .TMLTMAL.L NC_001325 A......... .......... .......... .......... .....H.D.. T.......L. NC_001602 V......... .......... .......... .......... .....H.D.. T.......L. NC_003428 A......... .......... .......... .......... .......D.. M.......L. NC_001700 A......... .......... .......... .......... .......DK. P.......L. NC_002008 T......... .......... .......... .......... .......NK. T...I...L. NC_004023 A......... .......... .......... .......... .....HAN.. M.T.....V. NC_004029 A......... .......... .......... .......... .....HAN.M T.V..T..M. NC_000845 T......... .......... .......... .......... .......N.. K.......F. NC_001567 T......... .......... .......... .......... .......A.. N.......F. NC_001640 T......... .......... .......... .......... .......T.. N...I...V. NC_001808 A......... .......T.. .......... .......... .......T.. K.......I. NC_000889 T......... .......... .......... ....V..... ....T..T.. K...I...T. NC_001601 T......... .......... .......... .......... ....I.SN.. N.......F. NC_002503 T......... Q......... .......... .......... ....T.MN.. K....T..F. NC_001643 S......... SP..V..... .......... .......... ....L..A.. PL.V.SS.L. NC_001644 S......... SP..V..... .......... .......... ....L..A.. PL.VMSS.L. NC_001645 T........V SP..I..... .......... .......... ....L..T.. PL.VMSS.L. NC_001807 S......... SP..V..... .......... .......... ....L..T.. PL.VMSS.L. NC_002083 S........A YP..I..... .......... .......... ....L..T.. PL.T.SS.M. NC_001569 N........T S......... .......... .......... ....I..IKT S..MI..FI. NC_004025 Y......... .......... .......... .......... .......N.. KL...V..V. NC_001913 S......... .......... .......... .......... ....A.FN.. NLV.I...M. NC_002658 A........T E......... ...I...... .......... ....L..N.. PL.TMAS.M. NC_000891 S........L .......... .......... ......I... I......SSP YSL.SLSGV. NC_001610 S........L .......... .......... .......... ....I.LPSP F.T.ILSYC. 1990 2000 2010 2020 2030 2040 CONSENSUS ISLLA.SLAY EWTQKGLEWT EM...Y.NI. LAF..SL.G. L.YRSHLMSS LLCLEGMMLS NC_001325 .....A.... ...E...... ..SMV.A..F ...IM..M.L .M........ .......... NC_001602 .....A.... ...E...... ..SMV.A..F ...IM..M.L .M........ .......... NC_003428 .....V.... ...E.....A .VPVV.V..F ...IV..V.L .I........ .......... NC_001700 .....A.... .......... ..SMV.I..F ...IM..M.L .M........ .......... NC_002008 .....A.... ...E...... ..SMV.I..F ...IL..M.M .V........ .......... NC_004023 .....A.... ...E...... ..SMV.F..F M..TV.FV.L .M........ .......... NC_004029 .....A.... ..AE...... .VSMV.A..F M..VV..M.M .V........ .......... NC_000845 LI...A.... .........A .VPLV.M..I M..AIA.A.L .M........ .......... NC_001567 .I...V.... .......... ..SMV.M..M M..TV..V.L .M........ .......... NC_001640 .....I.... .......... ..SLVHI..F ...TV..V.L .M........ .......... 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NC_000891 LA..TLG... ..L....... ..TTMFL.LL ...TVA.V.V FI..E....T .......... NC_001610 .M..TVG... ..I....... ..VLIKL..I V..MLA.S.V .I.......T .......... 2050 2060 2070 2080 2090 2100 CONSENSUS LFIM.TLT.L N.HTLA.M.P IILLVFAACE AA.GLALLVM VSNTYGTDYV QNLNLLQCML NC_001325 ..V.M.V.I. .N....S.A. .......... ..L..S.... .......... .......... NC_001602 ..V.M.V.I. .N....S.A. .......... ..L..S.... .......... .......... NC_003428 ..V.L.V.V. .N....N.A. .......... ..L..S.... .......... .......... NC_001700 ....MAVAI. .N....S.T. .......... ..L..S.... .......... .......... NC_002008 ..V.MSV.I. .N....S.M. .V........ ..L..S.... .......... .......... NC_004023 ..V.MSM.I. .N....S.A. .......... ..L..S.... .......... .......... NC_004029 ..V.MSV.I. .N....N.A. .......... ..L..S.... .......... .......... NC_000845 ....S..II. .T....N.M. .......... ..L..S.... .......... .......... NC_001567 ..V.AA..I. .S....S.M. .......... ..L..S.... .......... .......... NC_001640 ..V.A.MMV. .T....S.M. .......... R.L..S.... ......V.H. .......... NC_001808 ....A.MMV. .S....S.M. .......... ..L..S.... I......... .......... NC_000889 ....A..II. .A....S.M. .......... ..L..S.... .......... .S........ NC_001601 ..VLAA..I. .S....N.M. ........YV ..I....... .......... .S........ NC_002503 ...FT...T. .L....N.A. ......T... ..I....... I......... .S........ NC_001643 ....A..MT. .T.L..NIV. .TM....... ..V......S I.....L... H......... NC_001644 ....T..MT. .T.L..NIV. .TM....... ..V......S I.....L... H......... NC_001645 ....A..MT. .T.L..NIV. .TM....... ..V......S I.....L... .......... NC_001807 ....A..MT. .T.L..NIV. .AM....... ..V......S I.....L... H......... NC_002083 ....I..MT. .T.L..NIM. .TM....... ..V.....AS I.....L... N......... NC_001569 ....TSV.S. .SNSMSS.PI P.T....... ..V......K .......... .......... NC_004025 M..LS...I. SL..TSF.M. .L........ ..V......T ......L..I .......... NC_001913 ..VLI...A. .T...SF.F. .......... ..V....... ......M... .......... NC_002658 M..LS...M. .L.VSFMAI. T......... ..I....... I......... .......... NC_000891 I...VA.IL. HH.NSTM.L. L.....S... .GV......K T..S....HI N......... NC_001610 ...FMAAMIT HF.FSIS.M. L.....S... .GV......S I.....N.Q. .......... 2110 2120 2130 2140 2150 2160 CONSENSUS KIIIPTIML. PLTW.SK..M IWINTT.YSL LISLISL..L NQ.NDN.LN. SL.FFSDSLS NC_001325 ......M..M ....M..PN. ......A... .......SF. ..LG..CMSL ..L..T.... NC_001602 ......M..M ....M..PN. ......A... .......SF. ..LG..CMSL ..L..T.... NC_003428 ...F..M..V ....A..PN. ......A... ....V..TY. ..LS..S..F ..L..T.... NC_001700 ......A..M .M.CL..PN. ....S.T... .......SY. ..LGGHS..F ..L....... NC_002008 .........I ....M..PN. ......T.G. .......FY. ..P...T..S ..M....... NC_004023 .........M .VA.M..PH. ......T... ....T..PL. S.L...S..S ..L..T.... NC_004029 .........M ....M..PN. ......A... ..N..T.SF. ..S...N..L ..L.ST.... NC_000845 ......T..L .M..M..HN. ....A.VH.. .......SL. ..LGE.S..F ..T....... NC_001567 .Y.......M ....L..NN. ..V.S.AH.. ...FT..LLM ..FG..S..F ..L....... NC_001640 .........M ....L..KN. ......T... .......SL. ..PSN.S..F ..M....P.. NC_001808 ......L..I ....L..NS. ......A... ...F...PL. S.F.E.S..M ..T....P.. NC_000889 .Y.......M ....M..NS. ..T...AH.. ....T..LL. ..F...S..F .PM....P.. NC_001601 .F.......M ....L..NNL ....S.AH.. ...FS..LL. ..L...S..Y ..I....P.. NC_002503 .F.......M ....L..NNL ....S.TH.. ...FT..LL. T.S...N..Y ..T....P.. NC_001643 .L.......L ....F..KR. ......TH.. I..T.P.LFF ..I.N.LFSC ..P.S..P.T NC_001644 .L.......L ....F..KR. ......TH.. I..T.P.LFF ..I.N.LFSC ..S.S..P.T NC_001645 .L.A.....L ....L..KH. ......TH.. I..I.P.LFF ..I.N.LFSY ..S.S..P.T NC_001807 .L.V.....L ....L..KH. ......TH.. I..I.P.LFF ..I.N.LFSC .PT.S..P.T NC_002083 .L.......L ....L..TH. ......TH.. I..S.P.LF. ..T.S.LYSY ..L.S..P.. NC_001569 ...L.SL..L ....L.SPKK T.T.V.S..F ....T..TL. W.TDE.YK.F .NM.S..P.. NC_004025 .........F .V..C.SSP. ......LH.. ....AG.LF. ..F..SNN.F ..T....... NC_001913 .T.......I .TV.W..PH. ....A.V... ....TT.SL. ..PS.TN..F .TT....A.. NC_002658 ...F.....I .I..L..PN. ..M.SSSH.. M.A..TIPMI T.LDI.SH.L .TM.S..... NC_000891 ..L...M..L ..ISY..KEW V...SSI... ...SF..LT. ..HM.LG..F NMS.SA.... NC_001610 ..LL..L..I ....L..NKW L.....T... ...IT..PM. YHPM.LGY.F NNS.SL.... 2170 2180 2190 2200 2210 2220 CONSENSUS .PLL.LTTWL LPLMLMASQ. HLSKEPL.RK KLYITMLI.L Q..LIMTFTA TELIMFYILF NC_001325 A...A..... .........F .......T.. ........L. .LF....... .......... NC_001602 A...A..... .........F .......A.. ........L. .LF....... .......... NC_003428 A...V..... .........F .....T.T.. .......VL. .LF.....S. M...L..... NC_001700 A...V..... .........S .....TPS.. .......TL. .LL....... .......... NC_002008 A...A..... .........H .......T.. ....S...L. .LF....... S...F..... NC_004023 A...T..... .........L .......A.. ........L. .LL.....A. .......... NC_004029 T...A..... .........H .......T.. ........S. .LL....... .......... NC_000845 A...V..... .........S .....TTT.. ........L. .LF....... ....L..... NC_001567 T...I..M.. .........H .....N.T.. ..F.....S. .LF....... M...L..... NC_001640 A...V..... .........H .......I.. .......TM. .TF....... ....S..... NC_001808 A...V..... ....I....H .......A.. ........T. .TF....... ....F..... NC_000889 T...I..M.. .........S ..L...PT.. ..F.....T. .TF.....S. M...L..... NC_001601 T...M..M.. .........S ..I...PV.. ........M. .AL....... ....L...M. NC_002503 T...I..M.. .........S ..L....A.. ........T. .VF....... ....L...M. NC_001643 T...M..A.. ...TI....R ...N...S.. ...LS...S. .IS.....S. ........F. NC_001644 T...M..A.. ...TI....R ...N..PS.. ...LS...S. .IS.....S. ........F. NC_001645 T...M..... ...TI....R ...N...S.. ...LS...S. .IS....... ........F. NC_001807 T...M..... ...TI....R ...S...S.. ...LS...S. .IS....... ........F. NC_002083 T...M..... ....I....H ...N..PS.. ...L....S. .IS....... .......... NC_001569 T..II..A.. .........N ..K.DNNVLQ ....S...S. .IL.....S. .......... NC_004025 S..VV..M.. ....I....H ..K...WTL. ....S...F. .MF....... ....L..... NC_001913 T...M..... ....IL...H ..D..T.T.. .I..SL..S. .VF.V...S. ..F.L..... NC_002658 S...I..... ...TII...H ..KQ...Y.. .I...L..S. HTM....... S.M.L..V.. NC_000891 S...I.SC.. ....IL...F ..M...MAH. RT.LML.VI. .IA.L.A.S. V....Y.... NC_001610 S...V.SC.. ....I....N ..N..S.M.. ...L..MVI. .SS..IA..S S..M...... 2230 2240 2250 2260 2270 2280 CONSENSUS EATLIPTLII ITRWGNQTER LNAGLYFLFY TL.GSLPLLV AL.Y.QN..G SLNFLL.Q.. NC_001325 ....V..... .......... ....T..... ..V....... ..LFI..NM. T....MI.LW NC_001602 ....V..... .......... ....T..... ..V....... ..LFI..NM. T....MI.LW NC_003428 ....V...V. .......... .......... ..V....... ..LHT..NL. ......M.YW NC_001700 .......... .....D.... .......... ..V....... ..L.I..TT. T....II.YW NC_002008 .......... .......... .......... ..M....... ..L.IH.FM. .....MI.YW NC_004023 ....V..... .......... .......... ..V....... ..L.M..NM. T....VA.YW NC_004029 ....V..... .......... .......... ..T......I ..LHM..NM. T..L.VT.YM NC_000845 ....V..... .......... .......... ..A....... ..V.I..TT. .....IIHYW NC_001567 ....V..... .......... .......... ..A....... ..I.I..TV. .....ML.YW NC_001640 ....V..... .......... .......... ..M....... ..ISI..LT. ......I.YW NC_001808 .......... .......... ....F..... ..T......I ..THI..LT. ...L..I.YS NC_000889 .......... .......... .......... ..M....... ..I.I..IT. .....ML.YW NC_001601 .......... .......... .......... ..I....... ..V.L..TT. ......L.HW NC_002503 ....V..... .......... .......... ..L....... ..T.L..TT. T.....M.YW NC_001643 .T......A. .......P.. ....T..... ..V......I ..I.TH.TL. ...I..LTLT NC_001644 .T......A. .......P.. ....T..... ..V......I ..I.TH.TL. ...I..LTLT NC_001645 ........V. .......P.. ....T..... ..V......I ..IHTH.TL. ...I..LTLT NC_001807 .T......A. .......P.. ....T..... ..V......I ..I.TH.TL. ...I..LTLT NC_002083 .T......V. .......P.. ....T..... ..V......I ..IHTY.TL. ...IV.LTLT NC_001569 .......... .......... ....I..... ..I..I...I ..ILI..HV. T..LMILSFT NC_004025 .......... .......... .......... ..I....... ..IHI..YL. ...M.TMSFC NC_001913 .......... .......... ....T..... ..M....... ..I.L..SM. ......L.LM NC_002658 .........V .......... M......... ..IA...... ..L.L..ST. ......YKLK NC_000891 .T.......V .A........ .......... ..L....... ..IFI.TQL. ..HI..LTLT NC_001610 .T........ .......N.. ....I..... ..V....... ..LTMNKNL. T.HI.MNSIL 2290 2300 2310 2320 2330 2340 CONSENSUS .Q.L..SWSN ..LWLACMMA FMVKMPLYGL HLWLPKAHVE APIAGSMVLA AVLLKLGGYG NC_001325 A.P.PS.... TL........ .......... .......... .......... .......... NC_001602 A.P.PS.... TL........ .......... .......... .......... .......... NC_003428 T.P.PN...S MF........ .......... .......... .......... .......... NC_001700 AKPISTT... IF........ .......... .......... .......... .......... NC_002008 I.P.PN.... IF........ .......... .......... .......... .......... NC_004023 T.T.PN.... IL........ .......... .......... .......... .......... NC_004029 T.T.LD.... IF......T. .......... .......... .......... .......... NC_000845 SHP.SN.... IFM....I.. .......... .......... .......... .......... NC_001567 V.PVHN.... VFM....... .......... .......... .......... .......... NC_001640 N.A.PD.... IF........ ......V... .......... .......... .I........ NC_001808 T.T.PS.... AF........ .......... .......... .......... .I........ NC_000889 T.AVSN.... VF........ .......... .......... .......... .I........ NC_001601 AKP.SA.... IFM....... .L........ .......... .......... .......... NC_002503 T.P.ST.... TFM....... .......... .......... .......... .......... NC_001643 T.E.SNT.A. NLM...YT.. .......... .......... .......... .......... NC_001644 A.E.SNT.A. NLM...YT.. .......... .......... .......... .......... NC_001645 A.E.PN..A. NLM...YT.. .......... .......... .......M.. .......... NC_001807 A.E.SN..A. NLM...YT.. .......... .......... .......... .......... NC_002083 ARE.TD.... SLM...YT.. .......... .......... .......... .......... NC_001569 THT.DA.... NL........ .LI......V .......... .......I.. .I.....S.. NC_004025 F.E.SN...S NL..M..I.. .......... .......... .........P P......... NC_001913 NKSITT.... SLM....... .L........ .......... .......... .I........ NC_002658 ALP.LPT... DL.....I.. ....L.M... .......... .......... .I........ NC_000891 PNP.QDN... DI......L. .L.......F .......... .......... .I........ NC_001610 INQ.NYTL.. ST..Y...T. ..I....... .......... .......... .I........ 2350 2360 2370 2380 2390 2400 CONSENSUS MMRIT..LNP LT..MAYPF. MLSLWGMIMT SSICLRQTDL KSLIAYSSVS HMALVIVAIL NC_001325 .....VL.S. ..NF.....M .......... .......... .......... ......M... NC_001602 .....AL.S. ..SF.....M .......T.. .......... .......... .......... NC_003428 .....TL.G. ..SF.....M .......... .......... .......... ........V. NC_001700 .....VL... A.NQ.....M .......V.. .......... .......... ........V. NC_002008 .....TL... ..NF.....M .......... .......... .......... ........V. NC_004023 .....IL... ..SF.....M ...M...... .......... .......... .......... NC_004029 .....TL... ..NF.....M .......... .......... .......... .......... NC_000845 .....TI... ..NY.....L ...M...... .......... .......... .........M NC_001567 .L...LI... M.DF.....I .......... .......... .......... .......... NC_001640 .L...TM... Q.SF.....L .......... .......... .......... ........V. NC_001808 .L...MI... ..SY.....L .......... .......... .......... ........V. NC_000889 .L...TI... ..EM.....I .......... .......... .......... .......... NC_001601 .L...SM... ..EH.....L .......... .......... .......... ......A... NC_002503 .L...PM... ..EH.....L .......... .......... ........I. ......T... NC_001643 ...L.LI... ..KH.....L .......... .......... ......P... .....VT... NC_001644 ...L.LI... ..KH.....L .......... .......... .......... .....VT... NC_001645 ...LMLI... ..KH.....L A......... ...S...... ........I. .....VA... NC_001807 ...L.LI... ..KH.....L V......... .......... ........I. .....VT... NC_002083 ...LIPI... ..KH.....I .......... .......... .......... .....VA... NC_001569 .I..SII.D. ..KY.....I L......... .......... .......... ......AS.M NC_004025 .....MI... M.KY.....L ..C....... .......... .......... .......... NC_001913 .....IL.S. I.DY.....L .......... .......... .......... .......... NC_002658 ....SQL.D. ..NT.M...I .......L.. .......... .......... .......... NC_000891 IL..III.E. ISKF.....I IMAT...... .......... ..M....... ..G..VA.S. NC_001610 I...SLFTE. M.MHLL...I I..M...... ....M..... .......... ......I.A. 2410 2420 2430 2440 2450 2460 CONSENSUS IQTPWSYMGA TALMIAHGLT SSMLFCLANS NYER.HSRTM ILARGLQTLL PLMA.WWLLA NC_001325 .......... .......... .......... ....T..... .......V.. ....A..... NC_001602 .......... .......... ..V....... ....T..... .......V.. ....A..... NC_003428 .......... .......... ..L....... ....I..... .......... ....A..... NC_001700 .......... .......... .......... ....V..... ........I. ....A..... NC_002008 .......... .......... .......... ....I..... .......... ....A..... NC_004023 ....L..... .......... .......... ....T...I. .......... ....A..... NC_004029 .......... .......... .......... ....T...I. ..T....... ....M..... NC_000845 ......F... .......... .........T ....V..... .......... ....T...M. NC_001567 .......... .......... .......... ....I..... .......... ....T..... NC_001640 .......... .......... .......... ....T..... .......... ....A..... NC_001808 .......... .......... ..V....... ....T..... .......... ....M..... NC_000889 .......... .......... .......... ....I..... .......... ....A..... NC_001601 .......... .......... .......... ....I..... .......V.. ....T..... NC_002503 .......... .T........ .......... ....I..... .......IF. ....T..... NC_001643 ......FT.. II........ ..L.S..... ....T...I. ..SQ...... ....F..... NC_001644 ......FT.. VI........ ..L....... ....T...I. ..SQ...... ....F..... NC_001645 ......FT.. VV........ ..L....... ....T...I. ..SQ...... ....L..... NC_001807 ......FT.. VI........ ..L....... ....T...I. ..SQ...... ....F..... NC_002083 ......FT.. .T........ ..L....... ....T...I. ..SQ...... ....L..... NC_001569 ......F... .M........ ..L....... ....I..... .M.....MVF ....T...M. NC_004025 ......F... .I........ .......... ....I..... L....I..I. ....T..... NC_001913 ......F... .......... ..L....... ....I..... L.......I. ....A...V. NC_002658 ....L..A.. .T........ ..L....... ....T..... L......VI. ....L..M.S NC_000891 .....GF... ..M....... .........T ....I..... L.V....MV. ...SS..... NC_001610 ..STT.F... .I..V..... .........T ....I..... .......LI. ...TT...T. 2470 2480 2490 2500 2510 2520 CONSENSUS SLTNLALPPT INLIGEL.V. M.SFSWSNIT IILMG.NI.I TALYSLYMLI TTQRGK.THH NC_001325 .......... .......F.V .A........ .....T..I. .........T ......Y.Y. NC_001602 .......... .......F.V .A........ .....T..I. .......... ......Y.Y. NC_003428 .....S.... .......F.V VAT....... .T...T..I. .......... ......C.N. NC_001700 ..A....... .......F.V .A......M. .....T..I. .......... M.....Y... NC_002008 .......... .......F.V .S........ .....I..I. .......... ......YS.. NC_004023 .......... .......L.V .A......A. .....V..I. .......... ......H... NC_004029 .......... .......L.V IT........ .T...A..I. .........T M.....Y... NC_000845 .........S .......FII TA........ .....M.MM. .......... ......Y... NC_001567 .......... .......F.V .ST....... .....V.MV. .......... M.....Y.Y. NC_001640 .........S .......F.V .S........ .....A..T. .......... ......Y... NC_001808 .......... ...V...F.V .S........ .....T..I. .......... ......Y... NC_000889 .......... ...V...L.I .S........ .....T..M. .T.......T ......Y... NC_001601 .......... ...V...L.V .SV.....P. .L...A..V. ....T..... M.....H... NC_002503 .......... .......F.M .SM.....L. .....T..V. .T........ ...Y..H.Y. NC_001643 ..A....... ...L...S.L VT......T. LL.T.F.ML. ........FT ...W.SL... NC_001644 ..A....... ...L...S.L VT......T. LL.T.F.ML. ........FT ...W.SL... NC_001645 ..A....... ...L...S.L VTT.....T. LL.T.S.ML. ........FT ...W.PL... NC_001807 ..A....... ...L...S.L VTT....... LL.T.L.MLV ........FT ...W.SL... NC_002083 .......... ...L...S.L .AM....... .L.T.L.ML. .T......FT .....TP... NC_001569 ..A......S ...M...FIT .SL.....F. .....I..I. .GM..M..I. ......L.N. NC_004025 .........S .......F.T .A........ .....L.ML. .........T ......L.Y. NC_001913 .......... ...L...LII .A......L. .....T.VL. .........S ......F.Y. NC_002658 .FS....... ...L..MMII IS......F. MLF.AL.MLV ..M....... S....TPPY. NC_000891 ..A..G.... .......M.I ITT.....F. L..L.L.TV. ..I..F.... .V....L.S. NC_001610 ..A....... ...L...MII TA......FS .L.L.L.TV. .........T .S....F... 2530 2540 2550 2560 2570 2580 CONSENSUS I.NIKPSFTR EN.LM.LHL. PLLLLSLNPK IILGP.YLF. S....TL..L ..PI.....N NC_001325 .K........ ..A..T...M .......... .....I...A .SIIT..SM. TL..VLTSTS NC_001602 .K........ ..A..T...M .......... V....I...A .SIIT..SM. TL..VLTSTS NC_003428 VKS....... ..A..A...L .......... M....I...T .SIIM..LM. TM..ILTSAS NC_001700 .K..N..... ..A..A...L .......... .V...I...T PLMLTAMFI. LL..IMSNTQ NC_002008 .K........ ..A..T...L .......... .....I.M.S .CMITA.VI. TL..IMSSTK NC_004023 .K........ ..T..M...V .......... M....L...A PFTIM..FM. TM..ILTSTP NC_004029 .K........ ..A..A...L .......... V....LC..T .SVIT..LM. TM..MLASTS NC_000845 .N...A.... ..A..A..IL .....T.... M....L.P.A .LTLT..II. TI..MMSNS. NC_001567 .N..S..... ..A..S..IL .....T.... .....L.M.S .LSLV..LL. TM..MMMSF. NC_001640 .NS....... ..A..A..MT .......... ....FT.M.S .LMLVS.LV. TL..MLSIF. NC_001808 .N........ ..T..A...L .......... ....TL.M.P .LMLTS.LM. TL..ITTTI. NC_000889 .N..T..... ..A..A..IL .......... .....L...S .TTLTM.FV. TL..MMTNT. NC_001601 .N..I..... .HA..A..II .......... .....L...T .FVLL..LI. FT..MVSNTD NC_002503 VN.LT..... .HT..A..II .......... .....L...T .FTLL..LI. II.VITPST. NC_001643 .NSM...... ..T..F...S .I.......D ..T.FTSMYA TMTTLA.TS. IP..LGALI. NC_001644 .N.M...... ..T..FM..S .I.......D ..T.FTSMYT TMTTL..TP. IL..LTTLI. NC_001645 .T.M...... ..I..FM..S .I.......D ..T.FTSMYA TMTTLA.TS. IP..LTTFI. NC_001807 .N.M...... ..T..FM..S .I.......D ..T.FSSMHT TMTTL..TS. IP..LTTLV. NC_002083 TN.M...... ..T..LM..S .I.......S ..A.FA.M.T TMTAL..TS. IP..TATLI. NC_001569 MI.LQ..H.. .LT..A..MI ..I..TTS.. L.T.LTMI.T TSILLIFIL. LS..LISMS. NC_004025 SH.LN..... ..T..SM.ML ....FT.... .....T..LS .FTLV..II. TL..IMNVT. NC_001913 TN..S.T... ..T..V...A ......IS.. ....LMF..S TSVAVSIII. VL..VASFT. NC_002658 .H..T..Y.. ..M..T...L ..F.TMM... ..M.FTI.LS .LFMMS.LI. II..IIPSCI NC_000891 SLS.N..... .HMI.T...L ..I..T.... L...LT...F .SLLTA.II. CI.LLLSFTP NC_001610 MTSLY..... .HM..T..IM ..I....... Y...MT.ISN TMSIMSIIL. IL.LLYNLLS 2590 2600 2610 2620 2630 2640 CONSENSUS ..K..YP.YV KT.IS.AF.I SLIPT.MFI. .GQE.IISNW HW.TIQT.KL SLSFKLDYFS NC_001325 IY.NK..Q.. ..T..Y..M. .M...T...Y S...M..... ..M....M.. T......H.. NC_001602 IY.NK..Q.. ..A..Y..M. .M...T...Y S...M..... ..M....M.. T......H.. NC_003428 TH.NK..Q.. ..TV.Y..M. .T..MV..LY S...V..... ..M....L.. T......... NC_001700 LY.NS..H.. ..T..Y..I. .M...M...S S...A..... ..LS...L.. .....M.... NC_002008 LY.NK..Y.. ..AT.Y..M. .M...M...Y S...T..... ..M....M.. .M........ NC_004023 IYESK..Q.. ..T..Y..MT .M...M...S S...M..... ..M....M.. .......... NC_004029 IY.SK..E.. ..TT.Y..V. .TV.MM...Y S...M..... ..M...SV.. .......H.. NC_000845 IY.TN..N.. ..TV.Y..TL ..V.LL..MH T...M..... ..M.L..VE. .....M.... NC_001567 TY.PS..L.. ..A..Y..IT .M...M...H S...L..... ..L....L.. .....M.... NC_001640 TY.NSF.HH. .NT..Y..IT .....M...H S...T..... ..M.M..L.. .......... NC_001808 TH.NS..Y.. .NI..Y..IT .....M...H S...M..... ..M....L.. .......... NC_000889 IY.SD..T.. .NTV.S..L. ..V.MIA.TN T...M..... ..I....L.. T....A.... NC_001601 PH.NN.QS.. .NIVFC..IT ....AM.YLH TN..TL.... ..I....L.. T....M.... NC_002503 IH.SN.QT.. .NTV.C..LT ..V.MT.YLH TN..VL.... ..I....L.. T....M.... NC_001643 PN.KN..H.. .SI.AST.I. ..F..T..MC LD..T..... ..A.T..TQ. .......... NC_001644 PN.KN..H.. .SI.AST.I. ..F..T..MC LD..A..... ..A.T..TQ. .......... NC_001645 PN.KS..H.. .SIVAST.I. ..F..T..LC LD..A...S. ..A.T..IQ. .......... NC_001807 PN.KN..H.. .SIVAST.I. ..F..T..MC LD..V..... ..A.T..TQ. .......... NC_002083 PN.KN..H.. ..A.AS..T. .....T...C L...T.VT.. C.T.T..LQ. .......... NC_001569 LI.HIF.L.T T.S.KFS.I. ..L.LL..FH NNM.YM.TT. ..V.MNSME. KM...T.F.. NC_004025 MY.NY.AP.. .SS.AC..IT .....ML..S S...T..... ..M....L.. .I........ NC_001913 IFNSP..H.. ..SV.Y..T. .....LI..A TS..MMV... ..M..H.L.. TT........ NC_002658 LP.SW..S.I ..IVALS.SL .M...L.L.Y FEG.GM.... N.ISM..FNI NM........ NC_000891 YY.LE..HH. ..M.MWS.I. ..V.MLS.LN G.V.ATVT.. ..F.T..FN. .MN....LYT NC_001610 LK.INF.L.C .NM.ML..MM ..PSLLL.MY K...S..T.. ..FS.HSFNI .M...M.F.. 2650 2660 2670 2680 2690 2700 CONSENSUS M.F.PVALFV TWSIMEFSMW YMHSDP.IN. FFKYLL.FLI TM.ILVTANN LFQLFIGWEG NC_001325 .I.V...... .......... ......F..R ......M... ..M....... .......... NC_001602 .I.V...... .......... ......F..R ......M... ..M....... .......... NC_003428 VI.M...... ........I. ...T.LN..H ......M... ..M....... .L........ NC_001700 TI.I...... .......... ......Y..R ......M... ..M....... .......... NC_002008 .I.V...... .......... ......Y..R ......L... ..MV...... M......... NC_004023 .I.M...... ........I. ..S...Y..R ......M... ..M....... .......... NC_004029 .I.M.....I .......... ..N...Y..K ......M..V ..M....... .......... NC_000845 VM.I...... .......... ......F..R .....VL... ..M....... .......... NC_001567 .M.I...... .......... ..Y...N..K ......L... ..L....... .......... NC_001640 .I.V...... ........L. ......Y.TR ......T... ..M....... .......... NC_001808 .I.V...... .......... ......H.TQ ......M... ..M....... .......... NC_000889 IV.A...... .......... ......H..Q ......L... ..M....... .......... NC_001601 LM.M.....I .......... ......Y..Q ......L... ..L....... .......... NC_002503 LM.M.....I .......... ......H..L ......L... ..L....... ....L..... NC_001643 .T.I...... ........L. ..D...N..Q ......I... ..L....... .......... NC_001644 .T.I...... ..A.....L. ..N...N..Q ......I... ..L....... .......... NC_001645 .M.I...... ........L. ..N...N..Q ......I... ..L....... .......... NC_001807 .M.I...... ........L. ..N...N..Q ......I... ..L....... .......... NC_002083 .T.L....LI ........L. ..A...N..Q .L.F..I... ..I....... .L........ NC_001569 IL.TS..... .....QL.S. ......N..R .I...TL... ..L..TS... M......... NC_004025 .L.M...... .......... ......NM.Q ......M... ..L....... .......... NC_001913 .L.T.I.... .......... ......K..Q ......M... ..L....... M......... NC_002658 IL.MS..... ........L. ......Y..L .....IM... ..M....... I......... NC_000891 IM.L.I..LI ........I. ..S...K..Q .M....I... ..LT.IS... .......... NC_001610 II.I.I.... ..A.L...L. ......N.SQ .....II..L ..I...S... .......... 2710 2720 2730 2740 2750 2760 CONSENSUS VGIMSFLLIG WWYGRTDANT AALQAILYNR IGDIGFI.AM AWFL.N.N.W DLQQIF.L.. NC_001325 .......... ..H....... .....V.... ...V...M.. ....I.L.T. E.....ISHH NC_001602 .......... ..H....... .....V.... ...V...M.. ....I.L.T. E.....ISHH NC_003428 .......... .....A.... .....V.... ...V...M.. ....L.T.A. .F....AIEH NC_001700 .......... .....A.... .......... ...V...M.. ....T.S.A. .F....ITQH NC_002008 .......... .......... .....V.... ...V...MT. ....L.L.T. ......ITTN NC_004023 .......... ..H..S.... .......... ...V...M.. ....T.L.T. ......MIHH NC_004029 .......... .....S.... .......... ...V.L.M.. ....T.L.T. ......MADH NC_000845 .......... ..H....... .......... ......VLS. ....THS.A. ......M.NN NC_001567 .......... .....A.... .......... .......L.. ....T.L.T. ......M.NP NC_001640 .......... .......... .......... .......M.. ....F.T.T. ......M.DP NC_001808 .........S .......... .......... .......MS. ....F.T.S. ......S.NY NC_000889 .......... ..H....... ..I....... ...V...M.. ....S.L.T. .M....MINP NC_001601 .......... ..F....... .......... .....LLAS. ....S.M.T. ......M.NQ NC_002503 .......... ..F...N... .......... ......LTS. ....S.M.T. ......A.NQ NC_001643 .........S ...A...... ..I....... ......VL.L ....LHS.S. .P..MIL.ST NC_001644 .........S ...A...... ..I....... .......L.L ....LHS.S. .P..MVL.ST NC_001645 .......... ...A...... ..V....... .......L.L ....LHS.S. .P..MSL.NT NC_001807 .........S ...A.A.... ..I..V.... .......L.L ...ILHS.S. .P..MAL.NA NC_002083 .........S ...A...... ..I....... .......L.L ....LHS.S. E...V.L.NN NC_001569 .......... .......... .......... .......L.. V..SL.M.S. E....MFSNN NC_004025 .......... .......... .......... .......L.. ....MYS.T. EF..M.M.NY NC_001913 .......... ..H....... .......... .......M.L ...AI.L.T. E.....I.DN NC_002658 .......... ..LS.SE... .......... .....L.IS. T...L.S.S. EM..M.MTHN NC_000891 ......M... ..HA...... .......... .......L.. ....IHT.S. EF..M.L.HT NC_001610 .......... .....S.... .......... ......MLT. ..LML.C.S. ...H..SMNM 2770 2780 2790 2800 2810 2820 CONSENSUS N.PL.GLLLA ATGKSAQFGL HPWLPSAMEG PTPVSALLHS STMVVAGVFL LIRFHPLMEN NC_001325 .M..M..... .......... .......... .......... .......... .........H NC_001602 .V..M..... .......... .......... .......... .......... .........H NC_003428 EI..A..... .......... .......... .......... .......... ....Y....H NC_001700 EI..L..... .......... .......... .......... .......... ....Y....Q NC_002008 DL..L..... .......... .......... .......... .......... .........H NC_004023 .M..M..... .......... .......... .......... .......... .........H NC_004029 .M..L..... .A........ .......... .......... .......... .......I.Q NC_000845 EM..I..... .A........ .......... .......... .......... ....Y....T NC_001567 SM..I..A.. .......... .......... .......... .......I.. ....Y..T.. NC_001640 .L..L..... .......... .......... .......... .......... .......... NC_001808 .L..M..... .......... .......... .......... .......... .......... NC_000889 TL..M..I.. .......... .......... .......... .......... ....Y.M... NC_001601 .F..M..V.. .A........ .......... .......... .......I.. .V..Y..... NC_002503 .L..M..M.. .A........ .......... .......... .......I.. .......... NC_001643 .T..L.F... .A.....L.. .......... .......... .......I.. ....Y..A.. NC_001644 .T..L.F... .A.....L.. .......... .......... .......... .......A.. NC_001645 .I..L.F... .A.....L.. .......... .......... .......... ....RH.A.. NC_001807 .T..L..... .A.....L.. .......... .......... .......I.. .......A.. NC_002083 .L..L..... .A.....L.. .......... .......... .......... .......T.. NC_001569 .I..M...I. .......... .......... .......... .......I.. .V.....TT. NC_004025 HI..I..... .......... .......... .......... .......I.. ....Y..... NC_001913 .L..M..I.. .......... .......... .......... .......... ....Y..L.. NC_002658 KL.ML..... .......... .....A.... .......... .......I.. ....Y..LTL NC_000891 .L..L..I.. .......... .....F.... .......... .......I.. .V..S..L.Q NC_001610 HIA.L..II. ........S. .......... .......... .......I.. ......ML.. 2830 2840 2850 2860 2870 2880 CONSENSUS N...QT.TLC LGAITTLFTA ICALTQNDIK KIIAFSTSSQ LGLMMVTIGI NQPHLAFLHI NC_001325 .TMM..T... .......... .......... .......... ....I..... .......... NC_001602 .TMM..T... .......... .......... .......... ....I..... .......... NC_003428 .KTI..A... ...M...... A......... .......... ....I..... .......... NC_001700 .KTM..L... .......... .......... .VV....... ....I..... ...Y...... NC_002008 .QTI..L... .......... .......... ..V....... .......... ...Y...... NC_004023 .TVM..T... .......... M......... .......... ....I..... G..Y...... NC_004029 SAMT..AI.. ...T...... .......... .......... .......... ...Y...... NC_000845 .KLV..M... .......... L..I...... ..V....... .......... .......... NC_001567 .KYI.SI... .......... M......... .......... .......... ...Y...... NC_001640 .KTI.SL... .......... .......... .......... ....I..... ...Y...... NC_001808 .KTV..F... .......... .......... .......... ....I..... ...Y...... NC_000889 .NLM..I.M. .......... M......... .......... .......... .......... NC_001601 .KLI..V... .......... .......... .......... .........L ...Y...... NC_002503 .KLA..TA.S ...L...... .......... .......... .......V.L ...Y...... NC_001643 .PLI..L... ........A. V......... ..V....... .......... .......... NC_001644 .PLI..L... ........A. .......... ..V....... .......... .......... NC_001645 .SLA..L... ........A. V......... ..V....... ....VA.... G......... NC_001807 SPLI..L... ........A. V......... ..V....... .......... .......... NC_002083 SPHI..L... ........A. .......... ..V....... .......... ......L... NC_001569 .NFIL.TM.. ...L...... .......... .......... .......L.M .......... NC_004025 .KTI..LM.. .......... .......... ..V....... .......M.. .......... NC_001913 .KTA..LI.. .......... L......... ..V....... .......... .......... NC_002658 .ESIM.LS.. .......... L..I...... .......... .......... .......... NC_000891 .STAL.MA.. .......... A......... .......... .........L ...F...... NC_001610 .KTML.I... ...L...... M..IM..... ..V....... .......V.L .......... 2890 2900 2910 2920 2930 2940 CONSENSUS CTHAFFKAML FMCSGSIIHN LNDEQDIRKM GGL.K.MPFT TTSLIIGSLA LTGMPFLTGF NC_001325 .......... .......... .......... ...Y.VL... .....V.... .......... NC_001602 .......... .L........ .......... ...Y.VL... .....V.... .......... NC_003428 .......... .........S .......... ...F.AL.L. ..A....V.. .......... NC_001700 .......... .........S .......... ...Y.P.... .......... .......... NC_002008 .......... ......V..S .......... ...F.VL... .......... .......... NC_004023 .......... .......... .......... ...F.P.... .......... .......... NC_004029 .......... .........S .....H.... ...F.ML.L. ....VV.... .......... NC_000845 .M........ .........S .......... ...Y.A.... ..A....... .....Y.... NC_001567 .......... .........S .......... ...F.A.... ..A..V.... .......... NC_001640 .......... .........S .......... ...FNA.... .......... ...I...... NC_001808 .......... .......... .......... ...F.A.... S......... .......... NC_000889 .......... .......... ..N....... ...F.T.... ..T..V..M. ...V...... NC_001601 .......... .L........ ..N....... ...F.AL... ..A....C.. .......... NC_002503 .......... .L........ ..N....... ...F.AL... ..A..T.C.. .......... NC_001643 .......... .......... ..N....... ...L.T..L. S...T..... .A........ NC_001644 .......... .......... ..N....... ...L.T..L. S......... .A........ NC_001645 .......... .......... ..N....... ...L.A..L. S...A..... .M........ NC_001807 .......... .......... ..N....... ...L.T..L. S...T..... .A........ NC_002083 ........L. .......... ..N....... ...L.T..L. S...T.S... .A.....S.. NC_001569 .......... .........S .A........ .NIT.I.... SSC.V..... .......... NC_004025 .N........ .......... .......... ...F.S.... SS..M..... .......... NC_001913 .......... .L.......S .......... ...Y.T.... ASA.T..... .......... NC_002658 .M........ .........S ..N....... ...Y.T.... SSAM...... ...I...... NC_000891 .......... .L........ .......... ...INIL.I. SSA....... .......A.. NC_001610 .......... .L........ .......... ...FYTL.I. SSA.MT.... .M.T...A.. 2950 2960 2970 2980 2990 3000 CONSENSUS YSKDLIIETA NTSYTNAWAL LITLIATSLT AAYSTRIIFF .LLGQPRF.. ...INENNPL NC_001325 .......... .......... .L..V...M. .......M.. T.......NP MIT....S.. NC_001602 .......... .......... .L..V...M. .......M.. A..D....NP MIT....S.. NC_003428 .......... .......... .T..V...M. .......V.. V.......NP VII....... NC_001700 .......... .......... .......... .......M.. V.......NT LNL.....TH NC_002008 ........S. ...N...... ....V..... .......M.. A.......SP MIL....... NC_004023 .......... ...N...... .L..M...M. ......MM.S T.......NP TISV...... NC_004029 ....P..... .......... ML..T...M. .......M.. T......SNP TVMSS..... NC_000845 ........AV .M........ .M........ .......... AF..K...PP LVL....... NC_001567 ........A. .K........ .M......F. .I........ A.......PT LVN....... NC_001640 .......... .......... .M........ .V........ A.......LP LTS......F NC_001808 .......... .......... .......... ......M... T......SLT LIT....... NC_000889 ........A. ....S..... ....V..... .V........ A...H...PT STL.H..... NC_001601 ....P...A. TS........ .L..T..... .V........ A.......PP STT....... NC_002503 ....P...A. TS........ .L..T..... .V.......Y T..N....PP HIT......S NC_001643 .......... .M........ S......... S.....M.LL T.T.....PT LTN......T NC_001644 .......... .M..M..... S......... S.....M.LL T.M.....PT LTN......T NC_001645 .......... .M.H...... S.I....... S.....M.LL T.T.....PT FAN....YST NC_001807 ....H..... .M........ S......... S.....M.LL T.T.....PT LTN......T NC_002083 .......... .M....T... S......... G.....M.LH T.TSK.H.PT PIS......T NC_001569 ........AI ..CN...... ........M. .M..M...Y. VTMTK...PP LIS....D.D NC_004025 ........SV ...N...... T.......M. .I..I....Y A.......TT STP....... NC_001913 ........S. ...N...... I......... .V........ A......YPA LIV....... NC_002658 ........SM S...L..... .L.M....F. .V..M....Y P..NY.NYNS PMN......Q NC_000891 ........SL ...N...... SL..V..TF. .V....V..L A..N....SP ASS....... NC_001610 ....S...AM ......S... T......... .I..L...YY T...H...MT MSPL.....N 3010 3020 3030 3040 3050 3060 CONSENSUS LINPIKRL.. GSIFAGF.IS NNI.PT..PQ MTMP.YLKLT AL.VT.LGF. LALELN..T. NC_001325 ...S....LL ......YL.. Y..T..ST.. ....Y..... ..T..L...I ......LTSQ NC_001602 ........LL ......YL.. Y..T..ST.. ....H....M ..T..L...I ......LTSQ NC_003428 ...S....LL ......YL.F H..T..TI.. ....Y...MM ..A..M...I ......ST.Q NC_001700 ...S....LI ......YL.. Y..P..TI.. ....Y..... ..A..IA..I ......LAAK NC_002008 ...S....LI ..V...YI.. HS.T..TI.. ....H...M. ..A..T...I ......LTSQ NC_004023 ........LL ......YLMT L..P..MI.. L...HH.... ..T..L...T .....STTSL NC_004029 ...S....LV ......YLMF YS.P..TV.. T...H..... ..V..L...I V....TTTSH NC_000845 ...S....LI .......I.. ...P.MTV.N T...L.M.M. ..I..IM..M ......NT.Y NC_001567 ...S....LI ..L...YI.. ...P..TI.. ....Y...T. ..I..I...I ....ISNM.K NC_001640 ...S....LI .......F.. ...Y..TV.E ....T.M... ..A..I...T .....SLM.H NC_001808 .M.S....LI .......F.. ...Y..TI.K T...H..... ..A..I...M M....SLA.Y NC_000889 .L.SL...MA .......IL. H.LP.MTT.L ....P...M. ..A..M...T ..F.ITLN.Q NC_001601 ........LI .......IL. .S.P.VIT.L ....LH.... ..TM.T...I I.F.I.LD.Q NC_002503 .....M..ML .......IL. ...P.MTT.L T.I.L..... ..TM.T...I I.F.I.LN.Q NC_001643 .L......TI ..L....L.T ...L.MST.. V.I.L..... ..G..S..LL T..D..YL.S NC_001644 .L......TI ..L....F.T ...L.MSTS. ..I.L..... ..S..F..LL T..D..YL.N NC_001645 .L......TI ..L....F.T ...L..SV.. ..I.L..... ..SI.L..LL T..D..YL.N NC_001807 .L......AA ..L....L.T ...S.ASPF. T.I.L..... ..A..F..LL T..D..YL.N NC_002083 .LK.....ML ..L....L.T ...P.MSL.. V.T.P....A ..AA.L..LL V..D..YLAN NC_001569 .M......AF .......V.. Y..P..SI.V L...WF..T. ..IISV...L I.....NL.M NC_004025 ...S....AL ...L...FLT ...L.MNV.. ....L..... ..M..IT..A ..M...LM.N NC_001913 ...S....AL .......L.. .L.T.NNV.. ....L.M.M. ..F..IM..T I.M...QLSL NC_002658 ........AI .......F.. .S.I.MNM.. ....L.I... .IT..L...M ..I...NMSY NC_000891 ........AI ...L...LLT SY.N..TLTP T...PFI.V. ..VI.I...I .....YLT.N NC_001610 .....I..AL .T.....MLT T.MP.SYSIT ....MFI.QM ..M..TT.LM MGM...SL.N 3070 3080 3090 3100 3110 3120 CONSENSUS .L.K.PS..F KFSNLLGYFP .IMHRL.P.. .L..SQKLA. .LLD..WLE. .LPK.IS..Q NC_001325 S.L.Y..NL. ...S...... T.I..YM.MV N.SA.....S T...AI...S A...S..YFH NC_001602 S.L.H..NL. .......... T.I..YM.MV N.SA.....S T...AI...N A...S..YFH NC_003428 T.LDY.QNP. ...IQ..... I.I...L.MM S.SM...M.S M...MT...N V...S..YF. NC_001700 N.FMY..NL. .......... IV....PSKM S.TM...S.S M...MI...N V...S..LF. NC_002008 G.FNY..NY. ...S....Y. T.....T.KT S.TI...S.S M...SI...N I...S..YF. NC_004023 N.F.YA.NLS .......... T.I...V.TM N.AAG....S T.M.MI...Y L...S..HLN NC_004029 K.F.YT.NL. ...S...... A.I..FM.SI G.ST.....F T.M.ST...N V...S..YFH NC_000845 Y.F.Y..QTY ....M...Y. S.....PTYH N.SM...S.S S...LI...T I...TT.FI. NC_001567 N.YHY..NA. ...T...... T.....A.YM N.SM...S.S S...LI...A I...T..LA. NC_001640 N.LEHSTNV. ........Y. T.....P.LA N.SM...S.S L...SI...N I...S..QF. NC_001808 N.L.H..SPL .......... T.F...P.LM G.ST...S.S L...LI...K I...S..QF. NC_000889 N.Y.H.TNS. ...T...... T.....P.HL S.TA.....S S...SA...N I...SMAHA. NC_001601 N.YTH..NP. ...T...... T.....P.HL D.SM.....T S...LT...T T...TTALI. NC_002503 N.YNL..NPT ...LS..... T.....P.DL Y.TM.....T SS..MT...N I...TTALI. NC_001643 K.M.S.LYT. H...M..FY. N....SI.YL G.LT..N.PL L...LT...K L...T..QY. NC_001644 K.M.S.PYT. Y...M..FY. N....SI.YL G.LT..N.PL L...LT...K L...T..QY. NC_001645 K.M.H.PHT. Y...M..FY. N.T..TI.YL G.LM..N.PL L...LI...K L...T..QH. NC_001807 K.M.S.LCT. Y...M..FY. S.T..TI.YL G.LT..N.PL L...LT...K L...T..QH. NC_002083 K.T.T.PPT. Y..IM..FY. S.I..MI.HL S.LM..N.SL L...LT..KK LM..T..QH. NC_001569 K.MNKANPYS S..T...F.. S.I..IT.MK S.NL.L.TSL T...LI...K TI..ST.TLH NC_004025 N.F.L..DIY ....S..FY. MT....I.SH N.IM..NT.S L...LI.M.K TM..NL.QL. NC_001913 S.MTTQ.PY. N...M..F.. MTI..IL.YL N.SA..NM.T L...MT.T.K AI..N..DI. NC_002658 N.PFHH.KSS M..TM..FY. T.....I.LY K.LT..N..T SSM.MT...K TI..T..NIN NC_000891 N.L.PH.QLH T......... L....KPTAQ NFFLG.NM.T M.I.LT.F.K SG..G..SH. NC_001610 K.M.SNNHTN N.LTM..FYT Q....MQ.LI S.FMG.RI.T M.I.MN.Y.K AG..GQANVH 3130 3140 3150 3160 3170 3180 CONSENSUS .K.S...SNQ KGLIKLYFLL ITL.MTNIRK .HPLMKIIN. SFIDLPTPSN ISAWWNFGSL NC_001325 M.S.VTI... .........I ...I...... T........N .......... .......... NC_001602 M.S.VTI... .........I ...I...... T........N .......... .......... NC_003428 M.S.ITV... .........M ...I...... T...A....N .......... .......... NC_001700 M.M.TTV... ...V.....M ...A...... S...I....H ......A... .......... NC_002008 M.S.TLI... .........M L.MI...... T...A..V.N ......A... .......... NC_004023 M.S.ITI... .........M ...T...... M...A....N .L....A... .......... NC_004029 M.S.TII... .........M ...A...... T...A....N T......... .......... NC_000845 M.M.IMV... .......... ..IM...... S........N A.....A... ..S....... NC_001567 M.A.TLVT.. .......... ..IL...... S......V.N A.....A... ..S....... NC_001640 M.T.ILI.T. ..Q....... ...T...... S...I....H ......A... ..S....... NC_001808 V.T.TLV... .......... V..T...... S...I....H .......... .......... NC_000889 L.L.TLV... ...M.M..SI .PYH...... S........D A.V...A... ..S....... NC_001601 L.A.TLT... Q......... ..IT...... T........D A......... ..S....... NC_002503 L.A.MLT... Q......... ..IT...... S........N A......... ..S....... NC_001643 ISA.ITT.T. ..M......F FP.I..PT.. IN....L..H .......... .......... NC_001644 VSA.ITT.T. ..M....... FP.I..PT.. IN....L..H .......... ..T....... NC_001645 ISA.ITT.T. .........F FP.L..PM.. TN..A.L..H .......... ..T....... NC_001807 IST.IIT.T. ..M......F FP.I..PM.. IN....L..H .......... .......... NC_002083 TSA.ITI.T. .......... .P.L..ST.. TN....L..H .L........ .......... NC_001569 TNMTTLTT.. ........M. .NII...M.. T...F....H ......A... ..S....... NC_004025 MTS.TAI... M..V.F.... MS.L...... N......M.S .......... ..S....... NC_001913 IFA.TSV.S. .......... .S.L...... T...L..V.H .L....A... .......... NC_002658 ITL.SMST.. L....I..M. .S.T.KIT.. A...L.M..H ........P. ..S....... NC_000891 LTILTSVTE. ...M.I.... ..PP.N.L.. T...I..V.H .......... ..S....... NC_001610 S.L.SLI.S. ...M.M.... VSMI...... T........D .......... .......... 3190 3200 3210 3220 3230 3240 CONSENSUS LG.CLILQIL TGLFLAMHYT SDT.TAFSSV THICRDVNYG W.IRYLHANG ASMFFICLF. NC_001325 ..I....... .......... ...T...... .......... .I........ ........YM NC_001602 ..I....... .......... ...T...... .......... .I........ ........YM NC_003428 ..V....... .......... ...T...... .......H.. .V...V.... .........M NC_001700 ..V..T.... .......... ...M...... .......... .I........ ........YM NC_002008 ..V....... .......... ...A...... .......... .I...M.... .........L NC_004023 .AV..A.... .......... ...T...... .......... .I...M.... ........YM NC_004029 .AT....... .......... ...T.....I .......... .I...M.... ........YA NC_000845 ..I....... .......... ...T...... .......... .V........ .........I NC_001567 ..I....... .......... ...T...... .......... .I...M.... ........YM NC_001640 ..I....... .......... ...T...... .......... .I........ .........I NC_001808 ..I....... .......... P..M...... A......... .I........ .........I NC_000889 ..V....... .......... P..L...... .......... .V...M.... ..I......T NC_001601 ..L...V... .......... P..M...... .......... .V........ ........YA NC_002503 ..L...M... .......... P..T.....I .......... .T........ ........YT NC_001643 ..A......T .........S P.AS.....I A..T...... .I........ .........L NC_001644 ..A......T .........S P.AS.....I A..T...... .I........ ...L.....L NC_001645 ..A......T .........S P.AS.....I A..T...... .T........ .........L NC_001807 ..A......T .........S P.AS.....I A..T...... .I........ .........L NC_002083 ..A...I..T .........S P.AS.....I A..T...... .M..H..... .........L NC_001569 ..V..MV..I .......... ...M...... .......... .L...M.... .........L NC_004025 ..A..A...I .......... A..T...... .......... .V........ .....L...I NC_001913 ..L..MI..F .......... ...T...... .......... .L........ ........YM NC_002658 ..A..A.... .......... A..T...... .......... .L........ ........YL NC_000891 ..L...I... .......... ...S...... A......... .L...M.... ..L..M.I.L NC_001610 ..V...I... .......... ...L...... A......... .L..NI.... .....M...L 3250 3260 3270 3280 3290 3300 CONSENSUS HVGRGLYYGS YTF.ETWNIG IILLFTVMAT AFMGYVLPWG QMSFWGATVI TNLLSAIPYI NC_001325 .......... ...T...... .......... .......... .......... .........V NC_001602 .......... ...T...... ......I... .......... .......... .......... NC_003428 .......... .L.S...... .......... .......... .......... .......... NC_001700 .....M.... ...S...... .M........ .......... .......... .......... NC_002008 .......... .V.M...... .V...AT... .......... .......... .......... NC_004023 .......... ..LM...... ......I... .......... .......... ......V..V NC_004029 .M...I.... ..LA...... .V..L.I... .......... .......... .........V NC_000845 .......... .M.L...... VV........ .......... .......... .......... NC_001567 .......... ...L...... V...L..... .......... .......... .......... NC_001640 .......... ...L...... .......... .......... .......... .......... NC_001808 .....I.... ...L...... V.....L... .......... .......... .......... NC_000889 .......... H..L...... V...L.T... .......... .......... .......... NC_001601 .M........ HA.R...... V......... ..V....... .......... .......... NC_002503 .M...W.... .I.Q....V. MM..I..... ..V....... .....A.... .......... NC_001643 .I........ FLYL...... ....L.T... .......... .......... .......... NC_001644 .......... FLYL...... ....L.T... .......... .......... .......... NC_001645 .I........ FLHQ...... ....L.T..A .......... .......... .......... NC_001807 .I........ FLYS...... ....LAT... .......... .......... .......... NC_002083 .I........ F.HL...... ......T.M. .......... .......... .......... NC_001569 .......... ...M...... VL...A.... .......... .......... .......... NC_004025 .I........ F.LS...... .......... .......... .......... .......... NC_001913 .....I.... ..YL...... .....A.... .......... .......... .......... NC_002658 ..A..M.... .M.L....L. V...LF.... .......... .......... .......... NC_000891 .I........ ..QT...... VV........ ..V....... .......... .......... NC_001610 .....I.... .LYK...... V...L..... ..V....... .......... .......... 3310 3320 3330 3340 3350 3360 CONSENSUS GT.LVEWIWG GFSVDKATLT RFFAFHFILP FII.AL..VH LLFLHETGSN NP.GI.SDSD NC_001325 ..D..Q.... .......... .......... .VVL..DA.. .......... ..S..M.... NC_001602 ..D..Q.... .......... G......... .VVL..AA.. .......... ..S..MP... NC_003428 ..D....... .......... .......... ...L..AA.. .......... ..S..P.... NC_001700 ..E....... .......... ...G...... ...S..AG.. .......... ..S..T.... NC_002008 ..D....... .......... .......... ...A..AM.. .......... ..S..T.... NC_004023 ..N....... .......... .......... .VAS..VM.. .......... ..S.VS.... NC_004029 ..D....V.. .......... ..L.L..V.. .MAL..TA.. .......... ..S..L.... NC_000845 ..D....... .......... .......... ...T..AA.. .......... ..T..S..M. NC_001567 ..N....... .......... .......... ...M.IAM.. .......... ..T..S..V. NC_001640 ..T....... .......... .......... ...T..VV.. .......... ..S..P..M. NC_001808 ..N....... .......... .......... ...M..AIT. .......... ..S..P.NM. NC_000889 ..D....... .......... .......... .V.T..AI.. .......... ..T..P.NA. NC_001601 ..T....... .......... .......... ...M..AI.. .I........ ..T..P..M. NC_002503 ..T....V.. .......... ...TL..... ..TLT.TM.. .......... ..T..P.NM. NC_001643 ..D..Q.V.. .Y...SP... ...T...... ...T..TTL. .......... ..L..T.H.. NC_001644 ..D..Q.V.. .Y...SP... ...TL..... ...T..TTL. .......... ..L..T.H.. NC_001645 ..D..Q.V.. .Y...SP... ...T...... ...T..TTL. .......... ..L..P.H.. NC_001807 ..D..Q.... .Y...SP... ...T...... ...A..AAL. .......... ..L..T.H.. NC_002083 ..D..Q.V.. .Y..NSP... ...TL..M.. ...T..TTL. .......... ..L..P.H.. NC_001569 ..T....... .......... .......... ...A..AI.. .......... ..T.LN..A. NC_004025 ..N....... .......... .......... ...A..VM.. .......... ..L.TS.... NC_001913 ..T....... .......... .......... ...AT.VLI. .......... ..T..P.N.. NC_002658 .PT....V.. .......... ....L..... ...T..TM.. .......... ..T.LN..C. NC_000891 ..T....... .......... .......... .V.A..AVI. .......... ..S.LN..P. NC_001610 .ST....... .......... .......... ...L.MVV.. .........S ..T.LDPN.. 3370 3380 3390 3400 3410 3420 CONSENSUS KIPFHPYYTI KDILG.LLLI L.L..LVLFS PDLLGDPDNY TPANPLSTPP HIKPEWYFLF NC_001325 .......... .....A.... .V.TL..... .......... I.P....... .......... NC_001602 .......... .....A.... .V.TL..... .......... I......... .......... NC_003428 .......... .....A...T .A.AT..... .......... I......... .......... NC_001700 .......... .....L.V.V .T.ML..... .......... I.....N... .......... NC_002008 .......... .....A...L .I.MS..... .......... ......N... .......... NC_004023 .......... .....A.... .I.ML..M.. .......... I......... .......... NC_004029 .......... .....LII.. .I.ML..... .......... .......... .......... NC_000845 .......... .....A.FMM .I.LI..... .......... ......N... .......... NC_001567 .......... .....A.... .A.ML....A .......... ......N... .......... NC_001640 .......... .....L.... .L.LT..... .......... .......... .......... NC_001808 .......... .....I.... .A.LA..... ..I....... .......... .......... NC_000889 .......... .....I...M TT.LT.T..A .......... .......... .......... NC_001601 .......... .....A.... .T.LM.T..A .......... .........A .......... NC_002503 .......H.. ..TM.A.... .S.LT.T..A .......... ......N..T .......... NC_001643 ..T....... .....LF.FL .I.MT.T... .G........ .L....N... .......... NC_001644 ..T......T .....LF.FL .A.MV.T... .......... .L....I... .......... NC_001645 ..T....... .....LF.FL .T.MT.T... .......... .L........ .......... NC_001807 ..T....... ..A..L..FL .S.MT.T... .......... .L....N... .......... NC_002083 ..T....... .....L..FL .A.MT.T.L. ....S..... .L........ .......... NC_001569 .......... .....I.IMF .I.MT....F ..M....... M.....N... .......... NC_004025 .......... ..L..LM... .LTMT..... .......... .......... .......... NC_001913 .......... ..T..F.VA. .L.LI..... .......... ......N... .......... NC_002658 ........SM ..LI.L...F FF.LL....F ..I....... ......N... .......... NC_000891 ........SV ..LV.FFMT. .V.LT....T .......... .......... .......... NC_001610 .........M .....LF.M. II.LS.AM.. .........F ......N... .......... 3430 3440 3450 3460 3470 3480 CONSENSUS AYAILRSIPN KLGGVLAL.L SILILA.IP. LHTSKQRSMM FRPLSQ.LFW .LVADLLTLT NC_001325 .......... ........V. ...V..IM.L .......G.. ...I..C... F......... NC_001602 .......... ........V. ......IV.L .......G.. ...I..C... L......... NC_003428 .......... ........IF ......L..L .......G.. ......C... L......... NC_001700 .......... ........V. ...V..I..I .......G.. ......C... L......... NC_002008 .......... ........VF ......F..L .......... ......C... L......... NC_004023 .......... ........L. ......I..L .......G.. ...I..F... L......... NC_004029 .......... ........L. ...V..IV.S .......... ...I..C... L.....I... NC_000845 .......... ........VA .....ILM.M .......... ......C... M.....I... NC_001567 .......... ........AF ......L..L .......... ......C... A......... NC_001640 .......... ........I. ......L..T ..M....... ......CV.. L......... NC_001808 .......... ........V. ...T.LI..F .......... ......CM.. L......... NC_000889 .......... ........A. ......L..M ........L. ......C... A.I....... NC_001601 .......... ........L. ...V..L..M .......... ...F..F... V......... NC_002503 .......V.. ........L. .....VF..M ...A...... ...F..F... T.IM...... NC_001643 ..T....... ........L. .....TA..V ......Q... ......L.Y. L.AT...I.. NC_001644 ..T....V.. ........L. ......V..I ......Q... ......L.Y. L.AT...I.. NC_001645 .......V.. ........L. ......M..I ..M...Q... ......L.Y. F.I...F... NC_001807 ..T....V.. ........L. ......M..I ..M...Q... ......S.Y. L.A....I.. NC_002083 .......V.. .....M..M. .....TT..A ..M...Q..T ......F.Y. L.I....I.. NC_001569 .......... ........I. ......LM.F ........L. ...IT.I.Y. I...N..I.. NC_004025 .......... ........VF ......I..M ...A.....V ......Y... I.T...FI.. NC_001913 .......... ........V. ...V..F..F ..M....... ...I..V... V......... NC_002658 .......... ........L. .....MI..F I.L......S ......C... T.A.N.II.. NC_000891 .......... ........VA .....ILV.L ....Y..GLA ....T.M... I..T...... NC_001610 .......... ........LA ...V.LI..M ....T....A ...I..T... M.T.N.II.. 3490 3500 3510 3520 3530 3540 CONSENSUS WIGGQPVEHP FITIGQLASI LYFT.ILILM P.AS.IEN.. LK NC_001325 .......... Y..V...... ....IL.V.. .I..I...NI .. NC_001602 .......... Y......... ...MIL.V.. .I..I...NI .. NC_003428 .......... ..I....... ....IL.V.. .I.GI...NL .. NC_001700 .......... .......... ...STL.... .ISGI...RL .. NC_002008 .......... ..I...V... ....IL.... .TV.V...NL .. NC_004023 .......... ..A....... ....IL.... .I.GI...HI .. NC_004029 .......... ..I....... ...MIL.VF. .I.GM...SI .. NC_000845 .......... ..I....... ...LI..V.. .IT.I...NL .. NC_001567 .......... Y........V ...LL..V.. .T.GT...KL .. NC_001640 .......... YVI....... ...SL...F. .L..T...NL .. NC_001808 .......... ..I....... ....L..V.. .L.GI...NL .. NC_000889 .......... ..I...V... ...LL..V.. .V.GI...KL .. NC_001601 .......... YVIV...... ...LL..V.. .VT.L...KL M. NC_002503 .......... YV.V...... ...LL..... .T..L...KL .. NC_001643 .......SY. ......M..V ....T..... .I..L...KM .E NC_001644 .......SY. ......V..V ....T..... .II.L...KM .E NC_001645 .......SY. ......V..V ....T..F.. .IT.L...KM .. NC_001807 .......SY. .TI...V..V ....T..... .TI.L...KM .. NC_002083 .......SY. ....S.V..T ....T..L.. .AS.L...HM .. NC_001569 .......... ..I....... S..SI..... .ISGI..DKM .. NC_004025 .......... ......M... ...SL...M. .VV.L...KM .. NC_001913 .......... ......V..V ....T..... .L..L...KI .. NC_002658 .......... Y.....V... ....I..... .L..L...KI .. NC_000891 ........Q. ..I....... ...LL.TT.I .LTGLL..DL .. NC_001610 ........Q. Y.....W... S...I.I... .L.GML..YM .. 3550 3560 3570 3580